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Génétique Quantitative et Évolution - Le Moulon

Poste d’IE CNRS en bioinformatique ouvert à la mobilité au Moulon

Dans le cadre de la campagne de mobilité FSEP(*), un poste d’ingénieur-e biologiste en traitement de données génomiques issues de séquençage à haut-débit (ADN, ARN, Méthylation) a été ouvert à la mobilité par l’INSB pour intégrer l’équipe ABI.

Date-limite de dépôt des candidatures : 15 janvier inclus.

La mission de l’IE sera d’assurer le traitement des données génomiques ainsi qu’une veille sur les technologies de séquençage, leur utilisation, et les outils bio-informatiques associés.

Activités

Tâches principales

• Réaliser le traitement des données de génomique : assemblage de novo, construction de pan-génomes, alignement de lectures de séquençage sur des génomes de référence, détection de polymorphismes, quantification des niveaux d’expression de gènes, quantification des niveaux de méthylation.

• Choisir et adapter les applications informatiques aux besoins des projets (prise en compte de la spécificité des espèces et de leur structure de génome) ;

• Assurer une veille technologique en bio-informatique et génomique y compris par la réalisation de « benchmarks » afin de conseiller les équipes lors de l’élaboration des projets (technologies de séquençage, ressources bio-informatiques nécessaires, outils d’analyse).

Tâches secondaires

• Définir les procédures de contrôle qualité et veiller à leur mise en œuvre ;

• Former des personnels et étudiants aux techniques et outils développés ;

• Respecter les principes FAIR dans la mise à disposition des données ;

• Participer à des réseaux de compétence (Centres Automatisés de Traitement de l’Information) et interactions avec des plateformes (POPS, SPS-bioinfo, GenoToul, Centre National de Ressources Génomiques Végétales, Institut Français de Bioinformatique…)

Compétences

• Connaissances générales en biologie ;

• Maîtrise du traitement de données bio-informatiques sur des données de séquençage à haut-débit (DNAseq, RNAseq) ;

• Maîtrise d’au moins un langage de programmation (python, perl), du logiciel R, d’un interpréteur Shell et de l’environnement Linux et du gestionnaire de version git ;

• Maîtrise des analyses statistiques de base (statistiques descriptives, test d’hypothèses) ;

• Maîtrise des techniques de reproductibilité des analyses : formation pour R

• Compréhension de l’anglais B1 à B2 (cadre européen commun de référence pour les langues) ;

• Capacité à transmettre ses compétences et savoir faire preuve de pédagogie ;

• Savoir interagir aussi bien avec des biologistes et des informaticiens ;

• Aimer travailler en équipe ;

L’IE pourra bénéficier de formations externes (perfectionnement en python, détection et analyse de variants génomiques, traitement bioinformatique, analyse différentielle des données d’expression sous Galaxy, analyse statistique des données RNA-Seq sous R et R-studio) ou internes (par exemple, UE Modélisation statistique - annalyse de données biologiques).

Contexte

Localisée sur le plateau de Saclay, l’UMR accueille une cinquantaine de personnels permanents (Université Paris-Saclay/INRAE/CNRS/AgroParisTech). Elle rassemble des équipes de recherche produisant des données génomiques pour répondre à des questions de biologie intégrative et d’adaptation des plantes avec des applications en agroécologie et sélection variétale. Ces données nécessitent un large spectre d’analyses bioinformatiques qui demandent des compétences pointues pour

• écrire les scripts de formatage, de pré- et post-traitements ;

• les exécuter sur les moyens de calculs ad hoc ;

• les adapter aux spécificités des dispositifs expérimentaux ;

• mais aussi définir des méthodes de validation des résultats, et diffuser données et résultats selon des standards reconnus.

L’appui technique en bio-informatique de l’UMR repose sur une structure transversale d’appui : l’ABI (Atelier de BioInformatique), dirigée par la directrice de l’UMR. L’ABI est divisé en trois pôles : ABI-SYS responsable de l’infrastructure informatique, de la gestion des serveurs de calcul et de stockage ; ABI-SOFT qui s’occupe du développement logiciel et de la construction et gestion de bases de données ; ABI-ANASEQ focalisé sur l’analyse de séquences. Ce dernier pôle est composé d’un ingénieur de recherche à mi-temps, et d’un ingénieur d’étude à mi-temps. Le recrutement d’un.e nouvel.le IE permettra de le renforcer sur l’aspect pré-traitement des données génomiques. La mutualisation des compétences au sein d’ABI a le triple avantage d’offrir un environnement d’appui à la personne recrutée ; de mettre en commun les compétences des équipes de recherche ; de faire bénéficier toutes les équipes de pipelines mis au point par le pôle ABI-ANASEQ. Par ailleurs, l’IE recruté.e sera intégré.e dans un réseau professionnel national large et pourra également contribuer à faciliter le dialogue avec les plateformes mutualisées de l’université Paris Saclay.

Contacts à GQE-Le moulon

Maud Tenaillon et Johann Joets


(*) Les Fonctions Susceptibles d’Etre Pourvues (FSEP), contrairement aux NOEMI, sont exclusivement réservées aux agents du CNRS (fonctionnaires et agents en CDI). En outre, le dispositif FSEP qui conduit à un transfert de poste entre entités de départ et d\2019 accueil, nécessite un arbitrage entre les structures après le processus de sélection des candidats.

La campagne de mobilité interne d’hiver (NOEMI et FSEP) est ouverte et se déroulera jusqu’au 15 janvier 2021 inclus.

La date de prise de fonction est fixée au 1er juin 2021 pour les FSEP.

En savoir plus sur la mobilité au CNRS et la procédure de candidature FSEP