Missions
L’équipe ABI-Soft développe, déploie et distribue des outils d’analyses et des bases de données utiles aux scientifiques de l’UMR. L’équipe a également pour objectif de mettre à disposition ces outils à la communauté scientifique végétale à travers la forge de l’enseignement supérieur et de la recherche (SourceSup) et des solutions de déploiement efficaces (Machines virtuelles, conteneurs …).
ABI-Soft maintient également un environnement Galaxy afin d’exécuter les chaines de traitements des données (workflows) qui sont développées au sein de l’UMR. L’équipe est en charge de déployer les outils sur ses propres serveurs, concevoir les workflows dans Galaxy et si besoin développer les outils permettant d’articuler ces chaines de traitements. L’équipe travaille en étroite collaboration avec l’équipe ABI-SYS qui maintient l’infrastructure hébergeant les applications d’ABI-Soft.
Enfin, l’équipe est chargée de la formation des scientifiques (de l’UMR et leurs partenaires) sur les outils qu’elle développe.
Projets
Actuellement, ABI-Soft développe plusieurs outils de gestion des données et d’analyses qui sont les composants d’un système d’information global dédié à la sélection chez les plantes.
ThaliaDB
En collaboration avec l’équipe GQMS. ThaliaDB est une application web avec sa base de données qui gère des accessions de plantes, lots de graines, marqueurs SNPs, données brutes de génotypage, et des données de phénotypage élaborées.
Cet outil est utile pour la gestion des données du laboratoire, leur expertise, pour la préparation de jeux de données utilisés pour des analyses en génétique d’association à l’échelle du génome (GWAS) ou en sélection génomique et pour le partage de données avec des collaborateurs ou des répertoires de données centralisés (Dataverse). ThaliaDB screen
SHiNeMaS
SHiNeMaS screen
Biomercator
En collaboration avec l’équipe GQMS.
Biomercator screen
BioMercator version 4 est disponible depuis la page projet
hébergée sur la plateforme SourceSup. La version 5 est encours de développement et permettra d’exploiter des résultats issus de GWAS.
Moulaxy
En collaboration avec les équipes de GQE-Le Moulon. Moulaxy est une instance locale de Galaxy, utilisée dans le laboratoire, qui donne un accès aux workflow et logiciels adaptés aux besoins du laboratoire. Dans ce projet ABI-Soft : 1- Installe les outils et déploie les workflows répondant aux besoins des projets scientifiques du laboratoire 2- Développe de nouveaux outils et méthodes en lien avec ces projets scientifiques 3- Contribue à la valorisation de ces workflows par une mise à disposition à la communauté Galaxy (toolshed, formations)
Merci de contacter Yannick De Oliveira , pour plus de détails et collaboration.
Anciens membres
- Alice Beaugrand (2016-2018), Master 2 University Paris-Saclay, then CDD (SHiNeMaS, ThaliaDB)
- Artur Robieux (2018), Master 2 University Paris-Saclay (ThaliaDB)
- Marine Daniel-Dit Andrieu (2017), Master 2 University Paris-Saclay (Phenofield-Validator)
- Mélanie Polart-Donat (2017), Master 2 University Paris-Saclay (SHiNeMaS)
- Eva Dechaux (2017), Master 2 University Paris-Saclay (SHiNeMaS)
- Lan-Anh Nguyen (2016), DUT Université d’Auvergne, (ThaliaDB)
- Olivier Akmansoy (2016), Ecoles des Mines Douai (ThaliaDB)
- Aichatou Aboubacar-Amadou (2016), Master 2 Univ. Reims (SHiNeMaS)
- Lydia Aït-Brahim (2014 – 2016), Master 2 Université Paris-Saclay, then CDD (Biomercator)
- Guy Ross Assoumou (2012 – 2015), CDD IE/Software engineer (ThaliaDB)
- Jocelyn Chêne (2015), Master 2 Univ. Nantes (ANR Bakery project)
- Laura Burlot (2014), Master 2 Univ. Lyon, then CDD IE/ software engineer (SHiNeMaS)
- Marie Lefebvre (2014), Master2 Univ. Nantes (SHiNeMaS)
- Darkawi Madi (2012), Master 2 (SHiNeMaS)