ABISOFT - ABI - SOFT group
Missions
L’équipe ABI-Soft développe, déploie et distribue des outils d’analyses et des bases de données utiles aux scientifiques de l’UMR. Elle apporte également un soutien aux projets de développement réalisés par les équipes de recherche de l’unité. L’équipe a également pour objectif de mettre à disposition ces outils à la communauté scientifique végétale à travers la forge de l’enseignement supérieur et de la recherche (SourceSup, forgemia) et des solutions de déploiement efficaces (Machines virtuelles, conteneurs …). L’équipe est chargée de la formation des scientifiques (de l’UMR et leurs partenaires) sur les outils qu’elle développe.
ABI-Soft travaille en étroite collaboration avec l’équipe ABI-SYS qui maintient l’infrastructure hébergeant les instances locales de nos applications.
Actuellement, ABI-Soft développe plusieurs outils de gestion des données (Thaliadb, SHiNeMaS et DiverCILand) et d’analyses (BioMercator et OptimaRs) qui sont les composants d’un système d’information global dédié à la sélection chez les plantes.
Projets
ThaliaDB
ThaliaDB screen
L’outil est en production sur les serveurs de l’UMR et développé en langage Python avec le cadriciel Django.
Cette application est utilisée notamment dans le cadre des projets Amaizing
(PIA) et DROPS
(projet européen).
Une autre instance est deployée pour la tomate sur le site de l’UR GAFL
à Avignon.
SHiNeMaS
SHiNeMaS screen
DiverCILand
DiverCILand
Biomercator
En collaboration avec l’équipe
GQMS
.
Biomercator screen
La version 5 est en cours de développement et permettra d’exploiter des résultats issus d’analyses GWAS.
OptimaRs
OptimaRs est un outil d’aide à la décision pour mener des programmes de sélection assistée par marqueurs.
OptimaRs screen
OptimaRs regroupe dans une interface graphique trois modules différents correspondant aux différentes étapes d’un programme de sélection :
En utilisant les informations fournies par les marqueurs situés à proximité des QTL estimés, les probabilités de transmission d’allèles parentaux favorables sont calculées dans différents schémas SAM et plans de croisements (intercrossing, selfing, backcrossing, double haploïdes, RIL) avec la possibilité de considérer des générations sans information génotypique (étape 1). Des stratégies sont ensuite proposées pour sélectionner les meilleures plantes (étape 2) et les intercaler efficacement sur la base de la valeur attendue de leurs descendances (étape 3).
Liens vers le projet (version C++) :
Merci de contacter Yannick De Oliveira, pour plus de détails et collaborations sur un projet de développement.
Anciens membres
- Nesrine Mouhoubi (2020-2021), Master Data Science Université Paris-Saclay
- Laetitia Courgey (2018-2020), Master MIAGE Université Paris Dauphine (SHiNeMaS, ThaliaDB)
- Alice Beaugrand (2016-2018), Master 2 Université Paris-Saclay, puis CDD (SHiNeMaS, ThaliaDB)
- Artur Robieux (2018), Master 2 Université Paris-Saclay (ThaliaDB)
- Marine Daniel-Dit Andrieu (2017), Master 2 Université Paris-Saclay (Phenofield-Validator)
- Mélanie Polart-Donat (2017), Master 2 Université Paris-Saclay (SHiNeMaS)
- Eva Dechaux (2017), Master 2 Université Paris-Saclay (SHiNeMaS)
- Lan-Anh Nguyen (2016), DUT Université d’Auvergne, (ThaliaDB)
- Olivier Akmansoy (2016), Ecoles des Mines Douai (ThaliaDB)
- Aichatou Aboubacar-Amadou (2016), Master 2 Univ. Reims (SHiNeMaS)
- Lydia Aït-Brahim (2014 – 2016), Master 2 Université Paris-Saclay, then CDD (Biomercator)
- Guy Ross Assoumou (2012 – 2015), CDD IE/Software engineer (ThaliaDB)
- Jocelyn Chêne (2015), Master 2 Univ. Nantes (ANR Bakery project)
- Laura Burlot (2014), Master 2 Univ. Lyon, then CDD IE/ software engineer (SHiNeMaS)
- Marie Lefebvre (2014), Master2 Univ. Nantes (SHiNeMaS)
- Darkawi Madi (2012), Master 2 (SHiNeMaS)
Membres
- Yannick De Oliveira Ingénieur d'Études (INRAE)
- Franck Gauthier Ingénieur d'Études (INRAE)
- Pierre Montalent Ingénieur d'Études (INRAE)
- Elise Peluso Apprentissage Licence (INRAE)
- Mélanie Polart-Donat Ingénieure d'études, CDD (INRAE)
Anciens membres
Delphine Steinbach Ingénieure de Recherche (1970), Laetitia Courgey Master Apprentissage (2018-2020)Publications
- Vidal A., Gauthier F. , Rodrigez W., Guiglielmoni N., Leroux D., Chevrolier N., Jasson S., Tourrette E., Martin OC., Falque M.. (2022) SeSAM: software for automatic construction of order-robust linkage maps. BMC Bioinformatics, 1 (23) 499
- De Oliveira Y. , Burlot L., Dawson JC., Goldringer I., Madi D., Rivière P., Steinbach D., van Frank G., Thomas M.. (2020) SHiNeMaS: a web tool dedicated to seed lots history, phenotyping and cultural practices. Plant Methods, 1 (16) 98
- Lopez Arias DC., Chastellier A., Thouroude T., Bradeen J., Van Eck L., De Oliveira Y. , Paillard S., Foucher F., Hibrand-Saint Oyant L., Soufflet-Freslon V.. (2020) Characterization of black spot resistance in diploid roses with QTL detection, meta-analysis and candidate-gene identification. Theor Appl Genet,
- Urien C., Legrand J., Montalent P. , Casaregola S., Sicard D.. (2019) Fungal Species Diversity in French Bread Sourdoughs Made of Organic Wheat Flour. Front. Microbiol., (10) 201
- Alaux M., Rogers J., Letellier T., Flores R., Alfama F., Pommier C., Mohellibi N., Durand S., Kimmel E., Michotey C., Guerche C., Loaec M., Lainé M., Steinbach D., Choulet F., Rimbert H., Leroy P., Guilhot N., Salse J., Feuillet C., Paux E., Eversole K., Adam-Blondon AF., Quesneville H., International Wheat Genome Sequencing Consortium. (2018) Linking the International Wheat Genome Sequencing Consortium bread wheat reference genome sequence to wheat genetic and phenomic data. Genome Biol, 1 (19) 111
- Adam-Blondon AF., Alaux M., Durand S., Letellier T., Merceron G., Mohellibi N., Pommier C., Steinbach D., Alfama F., Amselem J., Charruaud D., Choisne N., Flores R., Guerche C., Jamilloux V., Kimmel E., Lapalu N., Loaec M., Michotey C., Quesneville H., van Dijk ADJ.. (2017) Mining Plant Genomic and Genetic Data Using the GnpIS Information System. , (1533) 103-117
- Perronne R., Makowski D., Goffaux R., Montalent P. , Goldringer I.. (2017) Temporal evolution of varietal, spatial and genetic diversity of bread wheat between 1980 and 2006 strongly depends upon agricultural regions in France. Agriculture, Ecosystems & Environment, (236) 12-20