En collaboration avec l’équipe GQMS. ThaliaDB est une application web avec sa base de données qui gère des accessions de plantes, lots de graines, marqueurs SNPs, données brutes de génotypage, et des données de phénotypage élaborées.
Cet outil est utile pour la gestion des données du laboratoire, leur expertise, pour la préparation de jeux de données utilisés pour des analyses en génétique d’association à l’échelle du génome (GWAS) ou en sélection génomique et pour le partage de données avec des collaborateurs ou des répertoires de données centralisés (Dataverse).
L’outil est en production sur les serveurs de l’UMR et développé en langage Python avec le cadriciel Django.
Cette application est utilisée notamment dans le cadre des projets Amaizing
(PIA) et DROPS
(projet européen).
Une autre instance est deployée pour la tomate sur le site de l’UR GAFL
à Avignon.
Liens vers le projet :
