Dominique DE VIENNE

 Université Paris-Saclay, Professeur

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 Biologie de l'Adaptation et Systèmes en Évolution

 Publications    

  • Génétique Quantitative et Évolution - Le Moulon
  • Université Paris-Saclay, INRAE, CNRS, AgroParisTech
  • IDEEV
  • 12 route 128
  • 91190 Gif-sur-Yvette
Dominique DE VIENNE

Fonctions

  • Professeur émérite à l’Université Paris-Saclay depuis 2017.
  • Professeur à l’Université Paris-Sud de 1990 à 2017.
  • Directeur de recherche à l’INRA de 1988 à 1999.

Responsabilités

  • Directeur de l’UMR de génétique végétale (INRA, Université Paris-Sud, CNRS, AgroParisTech) à Gif-sur-Yvette (1999–2014)
  • Membre du conseil scientifique de l’Ecole doctorale Gènes, Génomes, Cellules, devenue l’Ecole doctorale Struture et Dynamique des Systèmes Vivants, de l’Université Paris-Saclay (2000–2022).
  • Membre de nombreux jurys et comités de recrutement pour l’Université Paris-Sud, le CNRS, l’INRA, l’IRD, l’IFREMER, de comités d’évaluation de laboratoires (AERES et HCERES).

Thèmes de recherche

La question qui sous-tend toutes mes recherches est celle de la relation entre la variation génotypique et la variation phénotypique, à divers niveaux d’organisation du vivant. Mes premiers travaux portaient sur la réponse du maïs au défcit hydrique, et s’appuyaient sur l’utilisation du marqueage moléculaire et de la protéomique quantitative. Mon équipe a joué un rôle pionnier dans ce domaine en montrant comment cartographier les gènes qui contrôlent les abondances des protéines (Protein Quantity Loci, ou pQTL). Mes recherches actuelles portent sur la modélisation de la variation quantitative, par une approche de biologie des systèmes fondée notamment sur la MCA (Metabolic Control Analysis). Dans ce contexte, j’ai analysé : (1) les bases de l’hétérosis, un phénomène majeur pour la sélection animale et végétale, (2) l’évolution des concentrations d’enzymes lorsqu’il y a sélection directionnelle sur les flux métaboliques, (3) les conséquences génétiques de la non-linéarité de la relation entre le génotype et les niveaux phénotypiques successifs.

Enseignements

  • Génétique quantitative
  • Evolution des eucaryotes
  • Modélisation du métabolism.

Publications

  • Petrizzelli M., Coton C., de Vienne D. . (2024) Formalizing the law of diminishing returns in metabolic networks using an electrical analogy. R. Soc. Open Sci., 10 (11) 240165
  • Coton C., Dillmann C., de Vienne D. . (2023) Evolution of enzyme levels in metabolic pathways: A theoretical approach. Part 2. Journal of Theoretical Biology, (558) 111354
  • de Vienne D. , Coton C., Dillmann C.. (2023) The genotype–phenotype relationship and evolutionary genetics in the light of the Metabolic Control Analysis. Biosystems, (232) 105000
  • Coton C., Talbot G., Le Louarn M., Dillmann C., de Vienne D. . (2022) Evolution of enzyme levels in metabolic pathways: A theoretical approach. Part 1. Journal of Theoretical Biology, (538) 111015
  • de Vienne D. , Capy P.. (2022) Special issue on “The relationship between genotype and phenotype: new insight into an old question”. Genetica, 3-4 (150) 151-151
  • de Vienne D. . (2022) What is a phenotype? History and new developments of the concept. Genetica, 3-4 (150) 153-158
  • Coton C., 2021-12, Évolution des concentrations d'enzymes dans les réseaux métaboliques, Theses, Université Paris-Saclay
  • Petrizzelli MS., de Vienne D. , Nidelet T., Noûs C., Dillmann C., Kaleta C.. (2021) Data integration uncovers the metabolic bases of phenotypic variation in yeast. PLoS Comput Biol, 7 (17) e1009157
  • de Vienne D. , Fiévet JB.. (2020) The Pitfalls of Heterosis Coefficients. Plants, 7 (9) 875
  • Petrizzelli M., de Vienne D. , Dillmann C.. (2019) Decoupling the Variances of Heterosis and Inbreeding Effects Is Evidenced in Yeast’s Life-History and Proteomic Traits. Genetics, 2 (211) 741-756
  • Petrizzelli M., 2019-07, Mathematical modelling and integration of complex biological data : analysis of the heterosis phenomenon in yeast, Theses, Université Paris Saclay (COmUE)
  • Vasseur F., Fouqueau L., de Vienne D. , Nidelet T., Violle C., Weigel D.. (2019) Nonlinear phenotypic variation uncovers the emergence of heterosis in Arabidopsis thaliana. PLoS Biol, 4 (17) e3000214
  • Fiévet JB., Nidelet T., Dillmann C., de Vienne D. . (2018) Heterosis Is a Systemic Property Emerging From Non-linear Genotype-Phenotype Relationships: Evidence From in Vitro Genetics and Computer Simulations. Front. Genet., (9)
  • Sabarly V., Aubron C., Glodt J., Balliau T., Langella O., Chevret D., Rigal O., Bourgais A., Picard B., de Vienne D. , Denamur E., Bouvet O., Dillmann C.. (2016) Interactions between genotype and environment drive the metabolic phenotype within Escherichia coli isolates. Environmental microbiology, 1 (18) 100-17
  • Blein-Nicolas M., Albertin W., da Silva T., Valot B., Balliau T., Masneuf-Pomarède I., Bely M., Marullo P., Sicard D., Dillmann C., de Vienne D. , Zivy M.. (2015) A Systems Approach to Elucidate Heterosis of Protein Abundances in Yeast. Mol. Cell Proteomics, 8 (14) 2056-2071
  • da Silva T., Albertin W., Dillmann C., Bely M., la Guerche S., Giraud C., Huet S., Sicard D., Masneuf-Pomarede I., de Vienne D. , Marullo P.. (2015) Hybridization within Saccharomyces Genus Results in Homoeostasis and Phenotypic Novelty in Winemaking Conditions. PloS one, 5 (10) e0123834
  • Spor A., Kvitek DJ., Nidelet T., Martin J., Legrand J., Dillmann C., Bourgais A., de Vienne D. , Sherlock G., Sicard D.. (2014) Phenotypic and genotypic convergences are influenced by historical contingency and environment in yeast. Evolution; international journal of organic evolution, 3 (68) 772-90
  • Albertin W., Marullo P., Bely M., Aigle M., Bourgais A., Langella O., Balliau T., Chevret D., Valot B., da Silva T., Dillmann C., de Vienne D. , Sicard D.. (2013) Linking post-translational modifications and variation of phenotypic traits. Molecular & cellular proteomics : MCP, 3 (12) 720-35
  • Albertin W., da Silva T., Rigoulet M., Salin B., Masneuf-Pomarede I., de Vienne D. , Sicard D., Bely M., Marullo P.. (2013) The mitochondrial genome impacts respiration but not fermentation in interspecific Saccharomyces hybrids. PloS one, 9 (8) e75121
  • Blein-Nicolas M., Albertin W., Valot B., Marullo P., Sicard D., Giraud C., Huet S., Bourgais A., Dillmann C., de Vienne D. , Zivy M.. (2013) Yeast proteome variations reveal different adaptive responses to grape must fermentation. Molecular biology and evolution, 6 (30) 1368-83
  • Blein-Nicolas M., Xu H., de Vienne D. , Giraud C., Huet S., Zivy M.. (2012) Including shared peptides for estimating protein abundances: a significant improvement for quantitative proteomics. Proteomics, 18 (12) 2797-801
  • Albertin W., Marullo P., Aigle M., Dillmann C., de Vienne D. , Bely M., Sicard D.. (2011) Population size drives industrial Saccharomyces cerevisiae alcoholic fermentation and is under genetic control. Applied and environmental microbiology, 8 (77) 2772-84
  • Fiévet J., de Vienne D. , Gallais A.. (2011) Heterosis, Inbreeding depression and Hybrid varieties. library.siena.edu,
  • Sabarly V., Bouvet O., Glodt J., Clermont O., Skurnik D., Diancourt L., de Vienne D. , Denamur E., Dillmann C.. (2011) The decoupling between genetic structure and metabolic phenotypes in Escherichia coli leads to continuous phenotypic diversity. Journal of evolutionary biology, 7 (24) 1559-71
  • Wang S., Spor A., Nidelet T., Montalent P., Dillmann C., de Vienne D. , Sicard D.. (2011) Switch between life history strategies due to changes in glycolytic enzyme gene dosage in Saccharomyces cerevisiae. Applied and environmental microbiology, 2 (77) 452-9
  • Fievet JB., Dillmann C., de Vienne D. . (2010) Systemic properties of metabolic networks lead to an epistasis-based model for heterosis. Theor Appl Genet, 2 (120) 463-73
  • Spor A., Dillmann C., Wang S., de Vienne D. , Sicard D., Parent E.. (2010) Hierarchical Bayesian Modelling for Saccharomyces cerevisiae population dynamics. International journal of food microbiology, 1-2 (142) 25-35
  • Albertin W., Marullo P., Aigle M., Bourgais A., Bely M., Dillmann C., de Vienne D. , Sicard D.. (2009) Evidence for autotetraploidy associated with reproductive isolation in Saccharomyces cerevisiae: towards a new domesticated species. Journal of evolutionary biology, 11 (22) 2157-70
  • Spor A., Nidelet T., Simon J., Bourgais A., de Vienne D. , Sicard D.. (2009) Niche-driven evolution of metabolic and life-history strategies in natural and domesticated populations of Saccharomyces cerevisiae. BMC evolutionary biology, (9) 296
  • Spor A., Wang S., Dillmann C., de Vienne D. , Sicard D.. (2008) "Ant" and "grasshopper" life-history strategies in Saccharomyces cerevisiae. PloS one, 2 (3) e1579
  • Falque M., Mercier R., Mézard C., de Vienne D. , Martin OC.. (2007) Patterns of Recombination and MLH1 Foci Density Along Mouse Chromosomes: Modeling Effects of Interference and Obligate Chiasma. Genetics, 3 (176) 1453-1467