logo umr
Génétique Quantitative et Évolution - Le Moulon

Logiciels libres : 15 ans de pratique et de réussite sur la plate-forme PAPPSO

Le laboratoire GQE-Le Moulon et la plateforme PAPPSO ont fait le choix, il y a une quinzaine d’années, d’investir le champ des logiciels libres.

Ainsi, sous la houlette d’ Olivier Langella , ingénieur CNRS, la plateforme a équipé ses postes informatiques de systèmes d’exploitation GNU/Linux Ubuntu et Debian, et a encouragé les autres équipes du Moulon à en faire de même.

La plateforme de spectrométrie de masse PAPPSO développe depuis lors ses propres logiciels d’analyse de données de protéomique. Tous sont développés dans un environnment GNU/Linux et sont mis à la disposition de la communauté des massistes sous la licence libre par excellence : la license GNU GPL.

La dernière production de la plateforme s’écarte un peu des sentiers de la protéomique pour s’attaquer aux défis de la visualisation et de l’exploration de grandes masses de données de spectrométrie de masse MSn (optionnellement en association avec la mobilité ionique). Le logiciel mineXpert2 vient d’être publié par Olivier Langella et Filippo Rusconi , chercheur CNRS, dans le journal de la société américaine de spectrométrie de masse. Il s’adresse à tout massiste, quelle que soit sa spécialité [Langella et al. 2021].

On retrouvera toutes les informations relatives à mineXpert2 sur le site dédié.

Pour pouvoir être développé, ce logiciel tire parti de briques logicielles (dites librairies) également publiées sous licence libre. Ainsi, l’offre logicielle libre en spectrométrie de masse s’est-elle étoffée considérablement ces dix dernières années, en particulier dans le domaine de la spectrométrie de masse des biopolymères.

Ce foisonnement logiciel est décrit dans une revue publiée récemment à PAPPSO par Filippo Rusconi [Rusconi 2021].

Logo GNU

logo GNU

Pour en savoir plus

Références

  1. Langella O, Rusconi F. (2021) mineXpert2: Full-Depth Visualization and Exploration of MS n Mass Spectrometry Data. J Am Soc Mass Spectrom,
  2. Rusconi F. (2021) Free Open Source Software for Protein and Peptide Mass Spectrometry-based Science. Curr Protein Pept Sci,

Contacts Olivier Langella et Filippo Rusconi