PAPPSO recrute un.e ingénieur.e d’études sur un CDD de 12 mois pour effectuer des développements méthodologiques
- Localisation: Plateforme d’Analyse Protéomique de Paris Sud-Ouest (PAPPSO), Gif-sur-Yvette (91)
- Dates: contrat de 12 mois à partir de février 2023
- Salaire brut: 2100-2500 € par mois selon le niveau d’expérience
Mots clefs : protémique végétale, chromatographie liquide couplée à la spectrométrie de masse (LC-MS/MS), développement méthodologique, data independent analysis, microdébit
Contexte :
PAPPSO (www.pappso.inrae.fr) est une plateforme technologique visant à fournir aux équipes de recherche des compétences et des équipements de pointe dans le domaine de la protéomique. Depuis une dizaine d’années, PAPPSO reçoit de plus en plus fréquemment des demandes d’analyse de grandes cohortes d’échantillons de plante (> 100 échantillons). Ces demandes sont toutes liées à des projets de recherche en amélioration végétale ou en agro-écologie, où les approches méthodologiques nécessitant de grands dispositifs expérimentaux se tournent de plus en plus vers l’exploitation de données omiques collectées en aval du génome. Pour répondre à cette évolution, PAPPSO souhaite développer un nouveau type d’analyse dans le domaine de la protéomique végétale à haut débit.
Objectif :
Alors qu’aujourd’hui, l’analyse LC-MS/MS d’un échantillon classique de plante dure entre 1h et 3h (selon la complexité de l’échantillon), l’objectif de PAPPSO est de réduire ce temps à 20 minutes au maximum, ce qui permettrait de réaliser 72 analyses par jour. Pour ce faire, la personne recrutée sera chargée d’effectuer des optimisations méthodologiques (paramètres chromatographiques, MS et logiciels) afin de trouver le meilleur compromis entre la réduction du temps chromatographique et la qualité et la quantité des données acquises. Le mode d’acquisition des données MS appelé Data Independent Analysis (DIA) combiné à une chromatographie en micro-débits sera envisagé. En parallèle, des développements seront réalisés pour réduire le temps de préparation des échantillons végétaux.
Environnement:
PAPPSO regroupe 10 agents permanents répartis sur deux sites distants de 8 kms : l’un situé au laboratoire de Génétique Quantitative et Evolution - Le Moulon (GQE-Le Moulon, Gif-sur-Yvette) et l’autre à Jouy-en-Josas à l’Institut MICALIS (Jouy-en-Josas). Chaque site a développé des spécificités liées à son laboratoire d’origine. Le site du Moulon, où sera basée la personne retenue, est spécialisé depuis longtemps dans la protéomique végétale. PAPPSO est équipée de spectromètres de masse de dernière génération et est plus particulièrement spécialisée dans l’analyse quantitative de grandes cohortes d’échantillons potentiellement très complexes, dans l’analyse des modifications post-traductionnelles et dans la peptidomique (http://pappso.inra.fr/bioinfo/). PAPPSO développe également une suite logicielle couvrant tous les aspects de l’analyse protéomique. PAPPSO est une plateforme labellisée par IBiSA et INRAE et certifiée ISO9001.
Compétences et aptitudes requises:
Les candidats doivent être titulaires d’un M2 en biologie, chimie, biochimie ou biotechnologies et doivent avoir des compétences solides en spectrométrie de masse et protéomique ainsi que dans le traitement et l’analyse des données LC-MS/MS. Rigueur, sens de l’organisation, dynamisme et aptitude à travailler en équipe seront nécessaires pour mener à bien la mission.
Pour postuler :
Envoyer une lettre de motivation, un CV et les coordonnées de deux référents par courriel à melisande.blein-nicolas@inrae.fr.