Atelier "Recherche Reproductible"

Objectifs

Cet atelier est destiné aux doctorant.e.s et chercheur.euse.s travaillant avec le logiciel R et souhaitant s’initier aux bonnes pratiques de recherche reproductible.

La formation est gratuite et se déroule en français.

Les objectifs de cet atelier sont :

  • d’apprendre à utiliser l’outil de versionnage git, pour le suivi des codes et le développement en collaboration,
  • d’apprendre à diffuser ses codes en les organisant sous forme de paquet R.

L’atelier se tiendra le 2 avril 2026 à l’IDEEV (12 rue 128, 91190 Gif-sur-Yvette).

Programme

Matinée (9h-12h): théorie

  • 9h : accueil et introduction de la journée
  • 9h15 : cours “Apprendre à se servir de git avec RStudio”, O. Langella
  • 10h30 : pause
  • 10h45 : cours “Apprendre à construire un paquet R”, T. Flutre
  • 12h-13h30 : repas

Après-midi (13h30-17h30): pratique, avec des mini-projets en binôme

  • 13h30 : création d’un paquet pour l’analyse d’un jeu de données et mise à disposition via la forge INRAE.
  • 15h30 : pause
  • 15h45-16h45 : évaluation croisée des paquets R développés par les autres binômes en terme de reproductibilité.
  • 16h45-17h30 : discussion

Pré-requis

Connaissances. L’ensemble de la formation sera réalisée à l’aide des logiciels git, R et RStudio. Aucune connaissance de git (ou d’un autre logiciel de gestion de version) n’est requis. En revanche les participants doivent avoir l’habitude d’utiliser R et connaître les bases de programmation R pour la réalisation des mini-projets. En particulier les participants doivent déjà savoir créer une fonction sur R. Afin de permettre aux participants d’évaluer le niveau minimum requis, il est demandé de télécharger le fichier d’auto-évaluation suivant. Le score obtenu (nombre de questions auxquelles vous avez répondu) vous sera demandé lors de votre inscription.

Prérequis machine. Les participants devront venir à la formation avec leur propre ordinateur portable. Il est par ailleurs nécessaire d’installer préalablement les logiciels suivants :

Il vous est par ailleurs demandé d’installer sur R les paquets suivants (tous sur le CRAN):

  • devtools,
  • roxygen2,
  • testthat,
  • styler.

Inscription

Pour vous inscrire, merci de remplir le formulaire ci-dessous avant le 15 mars 2026:

Lien vers le formulaire d’inscription

Equipe pédagogique

Yannick de Oliveira, Matthieu Falque, Timothée Flutre, Franck Gautier, Olivier Langella, Tristan Mary-Huard.

Contact