OptimaRs est un outil d’aide à la décision pour mener des programmes de sélection assistée par marqueurs.
L’objectif principal d’OptimaRs est d’aider les sélectionneurs à mettre en œuvre leur projet de sélection assistée par marqueurs (SAM).
Avec la possibilité de considérer un contexte multi-allélique, il ouvre de nouvelles perspectives pour accélérer encore le progrès génétique en assemblant des allèles favorables issus de divers parents.
OptimaRs regroupe dans une interface graphique trois modules différents correspondant aux différentes étapes d’un programme de sélection :
En utilisant les informations fournies par les marqueurs situés à proximité des QTL estimés, les probabilités de transmission d’allèles parentaux favorables sont calculées dans différents schémas SAM et plans de croisements (intercrossing, selfing, backcrossing, double haploïdes, RIL) avec la possibilité de considérer des générations sans information génotypique (étape 1). Des stratégies sont ensuite proposées pour sélectionner les meilleures plantes (étape 2) et les intercaler efficacement sur la base de la valeur attendue de leurs descendances (étape 3).
Liens vers le projet (version C++) : 