Clémentine VITTE

Génomique et épigénomique évolutive des éléments transposables

 CNRS, Chargée de Recherche

 clementine.vitte@inrae.fr —   01 69 33 23 57


 Génomique Evolutive et Adaptation des plantes Domestiquées

Implication de Clémentine Vitte dans axe1 80% axe1 Comprendre et éclairer les mécanismes de l'évolution Axe1 Implication de Clémentine Vitte dans axe2 20% axe2 Comprendre et prédire les bases génétiques des interactions Axe2 Implication de Clémentine Vitte dans axe3 0% axe3 Comprendre et mobiliser la diversitée cultivée pour répondre aux attentes des acteurs Axe3
 Publications    

  • Génétique Quantitative et Évolution - Le Moulon
  • Université Paris-Saclay, INRAE, CNRS, AgroParisTech
  • IDEEV
  • 12 route 128
  • 91190 Gif-sur-Yvette
Clémentine VITTE

Questions de recherches

Mes recherches visent à comprendre la contribution des éléments transposables à l’évolution des génomes végétaux. Après avoir analysé la dynamique des éléments transposables dans plusieurs espèces végétales et leur impact sur la variation de la taille des génomes dans une perspective phylogénétique, j’explore depuis quelques années leur impact fonctionnel. Je m’intéresse particulièrement à la manière dont ils contribuent aux changements de l’expression des gènes, au niveau de gènes particuliers mais aussi à l’échelle des réseaux de régulation. Je cherche notamment à répondre aux questions suivantes : quelle est la contribution des éléments transposables aux modules cis-régulateurs impliqués dans la régulation de l’expression des gènes ? Sont-ils à l’origine de fonctions particulières, telles que la réponse aux stress ? Quel est l’impact de la variation structurale des éléments transposables sur la régulation des gènes ? À quelle échelle évolutive apportent-ils une nouveauté utile ? En collaboration avec J. Joets, j’analyse également la contribution d’autres variants structuraux, notamment les variants de présence/absence de gènes (PAV), à la variabilité d’expression de gènes impliqués dans le développement et la réponse aux stress abiotiques. A l’échelle de l’espèce, j’étudie ces questions en utilisant le maïs comme modèle d’étude, avec un intérêt particulier pour l’originalité des ressources génétiques Européennes. Je travaille également sur plusieurs espèces de monocotylédones et de dicotylédones pour étudier ces questions à une échelle évolutive plus large. Pour aborder ces questions, j’utilise une approche intégrative combinant la génération de ressources génomiques (assemblages de génomes complets, reséquençage), épigénomiques (méthylome, ATAC-seq et SAM-seq) et transcriptomiques (mRNA-seq) et leur intégration par des méthodologies bioinformatiques et biostatistiques.

Collaborations

  • Internes: Maud Fagny, Johann Joets, Karine Alix, Maud Tenaillon (GEvAD), Elodie Marchadier (BASE), Stéphane Nicolas (GQMS)
  • Nationales: Leandro Quadrana (IPS2, Saclay), Angélique Déleris (I2BC, Gif-sur-Yvette), Hadi Quesneville & Johann Confais (URGI, Versailles), Yann Bourgeois & Julia Hengelhorn (DIADE, Montpellier), Randy Wisser (LEPSE, Montpellier);
  • Internationales: Maike Stam (Université d’Amsterdam, Pays-Bas), Thomas Hartwig (Max Planck Institute for Plant Breeding Research, Allemagne), Silvio Salvi (Université de Bologne, Italie)

Projets financés en cours

  • 2025-2029 : SATURN (ANR, France). Coordinatrice
  • 2024: TEEM (SPS, France). Co-coordinatrice
  • 2023- 2026: EDin (ANR, France). Participante

Responsibilités et animation de la communauté

  • Membre du comité éditorial du journal PloS Genetics depuis 2024
  • Membre du comité éditorial du journal Mobile DNA depuis 2023
  • Membre du conseil de l’école doctorale SEVE depuis 2023
  • Membre du comité scientifique du GDR “Epigenetics in Ecology and Evolution” (2019 à 2023)
  • Membre du comité scientifique du GDR 2157: “Evolution of Transposable elements: from genomes to populations" depuis 2009
  • Membre du GDR “Epiplant" depuis 2019
  • Co-organisatrice du workshop “Transposable Elements” au congrès international “Plant and Animal Genome” depuis 2020
  • Co-organisatrice de l’“International Congress on Transposable Elements” (ICTE) en 2024
  • Co-organisatrice du Congrès National sur les Eléments Transposables (CNET) en 2022

Parcours académique

  • Chargée de Recherche CNRS Section 23, GQE-Le Moulon (Gif-sur-Yvette, France) depuis 2008
  • Post-doc (bourse Urgence FRM), Institut Jacques Monod (Paris, France), 2007
  • Post-doc (bourse Lavoisier Egide), laboratoire de Jeff Bennetzen (Athens, Géorgie, Etats-Unis), 2005-2006
  • Doctorante (bourse MENRT fellowship et monitorat), laboratoire ESE, Orsay (France), 2001-2004

Publications

  • Hure V., Piron-Prunier F., Yehouessi T., Vitte C. , Kornienko AE., Adam G., Nordborg M., Déléris A.. (2024) Alternative silencing states of Transposable Elements in Arabidopsis. Molecular Biology,
  • Leduque B., Edera A., Vitte C. , Quadrana L.. (2024) Simultaneous profiling of chromatin accessibility and DNA methylation in complete plant genomes using long-read sequencing. Nucleic Acids Research, gkae306
  • Desbiez-Piat A., Ressayre A., Marchadier E., Noly A., Remoue C., Vitte C. , Belcram H., Bourgais A., Galic N., Guilloux ML., Tenaillon MI., Dillmann C.. (2023) Pervasive GxE interactions shape adaptive trajectories and the exploration of the phenotypic space in artificial selection experiments. Genetics, (in press) 2023.01.13.523786
  • Moissiard G., Mirouze M., Carles CC., Vitte C. . (2023) Editorial: Plant epigenetics and chromatin dynamics - EPIPLANT 2021-2022. Front. Plant Sci., (14) 1260391
  • Fagny M., Kuijjer ML., Stam M., Joets J., Turc O., Rozière J., Pateyron S., Venon A., Vitte C. . (2021) Identification of Key Tissue-Specific, Biological Processes by Integrating Enhancer Information in Maize Gene Regulatory Networks. Frontiers in Genetics, (11) 1703
  • Mabire C., Duarte J., Darracq A., Pirani A., Rimbert H., Madur D., Combes V., Vitte C. , Praud S., Rivière N., Joets J., Pichon JP., Nicolas SD.. (2019) High throughput genotyping of structural variations in a complex plant genome using an original Affymetrix® axiom® array. BMC Genomics, 1 (20) 848
  • Bennetzen J., Flint-Garcia S., Hirsch C., Tuberosa R., Joets J., Vitte C. , Charcosset A.. (2018) Draft Assembly of the F2 European Maize Genome Sequence and Its Comparison to the B73 Genome Sequence: A Characterization of Genotype-Specific Regions. DOI.org (Crossref), 3-12
  • Darracq A., Vitte C. , Nicolas S., Duarte J., Pichon JP., Mary-Huard T., Chevalier C., Bérard A., Le Paslier MC., Rogowsky P., Charcosset A., Joets J.. (2018) Sequence analysis of European maize inbred line F2 provides new insights into molecular and chromosomal characteristics of presence/absence variants. BMC Genomics, 1 (19) 119
  • Brandenburg JT., Mary-Huard T., Rigaill G., Hearne SJ., Corti H., Joets J., Vitte C. , Charcosset A., Nicolas SD., Tenaillon MI.. (2017) Independent introductions and admixtures have contributed to adaptation of European maize and its American counterparts. PLOS Genetics, 3 (13) e1006666
  • Vitte C. , Fustier MA., Alix K., Tenaillon MI.. (2014) The bright side of transposons in crop evolution. Briefings in functional genomics, 4 (13) 276-95