31 août 2023

Mes recherches portent sur la compréhension des forces évolutives qui façonnent la diversité génomique des plantes. J’ai un intérêt particulier pour le processus de domestication qui a entraîné une perte de diversité résultant à la fois d’un goulot d’étranglement et d’une sélection au niveau de locus cibles. Au cours de ma thèse, je me suis intéressée à aux questions suivantes : Quelles sont les locus impliqués dans le syndrome de domestication chez le millet ? Quelle est l’influence du système de reproduction sur l’organisation des gènes de domestication ? Depuis, j’ai effectué mes travaux principalement chez le maïs et ses formes sauvages apparentées, les téosintes. J’ai étudié l’influence de la recombinaison et de la sélection sur les profils de diversité chez cette espèce. J’ai travaillé aussi bien à une échelle restreinte pour comprendre l’interférence entre deux balayages sélectifs, qu’à une échelle multilocus pour modéliser via des simulations de coalescence l’impact démographique de la domestication sur la diversité et le déséquilibre de liaison, et pour identifier des cibles de la sélection. J’ai travaillé sur des questions liées à la variation de la taille du génome au sein et entre les espèces du genre Zea, sous l’angle de leur contenu génomique en éléments transposables (ET), et l’angle écologique (corrélation à des variables environnementales). Plus récemment, je me suis intéressée au rôle de l’admixture dans l’adaptation, et découvert des régions génomiques avec un niveau inhabituel d’hétérozygotie résiduelle résultant possiblement d’une sélection contre la dépression de consanguinité. Enfin, j’ai mené des travaux sur l’adaptation locale dans des populations naturelles de téosintes collectées au Mexique. Ce travail a abouti à la caractérisation d’un syndrome d’adaptation à l’altitude grâce à des expériences de jardins communs, ainsi qu’à l’identification par à une approche de génétique d’association, de polymorphismes (nucléotidiques et insertion-délétion d’ET) impliqués dans la variation phénotypique de caractères adaptatifs.

Projets en cours

• Evolution expérimentale chez le maïs
  Nous avons mené deux expériences de sélection divergente pour la date de floraison dans deux fonds génétiques homogènes (lignées de maïs) sur 20 générations (Saclay Divergent Selection Experiments). Les populations obtenues présentent des décalages importants de date de transition florale. La réponse à la sélection est significative et continue et présente deux phases: la fixation d’hétérozygotie résiduelle puis celle de nouvelles mutations. Cette réponse se traduit au niveau transcriptionnelle par de la convergence génétique entre les lignées de maïs. Nous étudions la dynamique de fixation et les effets des mutations en combinant simulations et génétique d’association. Nous nous interrogeons également sur l’impact des changements phénologiques sur le microbiome rhizosphèrique.

• Déterminants de l’association maïs-haricot
  Contrairement à la sélection naturelle et humaine qui agit depuis des millénaires dans un contexte d’assemblage multi-spécifique, les interactions biotiques sont minimisées dans les agroécosystèmes modernes. Nous nous focalisons sur l’association maïs-haricot, encore pratiquée dans certains systèmes d’agriculture traditionnels européens. Nous nous intéressons au potentiel bénéfice de ce partenariat biologique avec des synergies qui pourraient résulter de processus de complémentarité et/ou de facilitation. Nous intégrons des enquêtes sur les pratiques, des mesures agronomiques, du metabarcoding rhizosphérique et des études génétiques pour étudier son histoire évolutive et les déterminants de son succès. Plus généralement au travers du projet INCREASE (https://www.pulsesincrease.eu/) nous souhaitons promouvoir la description, la préservation et l’utilisation des ressources génétiques de légumineuses alimentaires. En savoir plus sur une Expérience de Science Citoyenne.

• Dialogue entre formes sauvages et domestiques
  Contrairement aux plantes cultivées par l’homme, les formes sauvages apparentées à ces formes cultivées sont confrontées à des défis continus dans leur environnement naturel et présentent une diversité génétique supérieure. Elles constituent ainsi un réservoir d’allèles qui pourrait être utilisé pour augmenter la capacité adaptative des espèces cultivées face aux changements globaux. Dans ce contexte, nous nous posons des questions sur les introgressions adaptatives qui ont contribué, par exemple, à l’établissement de téosintes adventices des cultures en Europe, ainsi que sur la mise en place de barrières reproductives entre formes sauvages et domestiques. Nous couplons modélisation, données génomiques et expérimentales (réalisation de croisements et études des descendances) dans un contexte d’analyse comparative sur 14 espèces cultivées. Pour en savoir plus.

Communauté

• Co-animation d’initiatives locales
  Master EvoGEM
  Séminaires: Evolution en île de France
  Comité scientifique: GDR AIEM, Approche interdisciplinaire de l’évolution moléculaire\
• Editrice associée de la revue Genome Biology and Evolution

Parcours académique CV détaillé

• Chercheuse CNRS, GQE-Le Moulon (depuis 2002)
• Médaille de bronze du CNRS 2011
• Mise à disposition (sabbatique), Gaut lab à UC Irvine CA (2009-2011)
• HDR en 2009 (Université Paris-Sud)
• Postdoc (Gaut lab) à University California Irvine (1999-2002)
• Master et Doctorat, Lab. Evolution et Systématique, Université Paris-Sud (1995-1999)

Publications

Liste des publications