13 mars 2023

Mes recherches portent sur la compréhension des forces évolutives qui façonnent la diversité génomique des plantes. J’ai un intérêt particulier pour le processus de domestication qui a entraîné une perte de diversité résultant à la fois d’un goulot d’étranglement et d’une sélection au niveau de locus cibles. Au cours de ma thèse, je me suis intéressée à aux questions suivantes : Quelles sont les locus impliqués dans le syndrome de domestication chez le millet ? Quelle est l’influence du système de reproduction sur l’organisation des gènes de domestication ? Depuis, j’ai effectué mes travaux principalement chez le maïs et ses formes sauvages apparentées, les téosintes. J’ai étudié l’influence de la recombinaison et de la sélection sur les profils de diversité chez cette espèce. J’ai travaillé aussi bien à une échelle restreinte pour comprendre l’interférence entre deux balayages sélectifs, qu’à une échelle multilocus pour modéliser l’impact démographique de la domestication sur la diversité et le déséquilibre de liaison. J’ai utilisé un modèle de coalescence pour la détection de locus sous sélection chez le maïs. En parallèle, j’ai étudié l’évolution de familles multigéniques codant pour les enzymes de la voie de biosynthèse de l’amidon, dont l’augmentation est un caractère cible de la domestication.

Plus récemment, j’ai travaillé sur des questions liées à la variation de la taille du génome au sein et entre les espèces du genre Zea, sous l’angle de leur contenu génomique en éléments transposables (ET), et l’angle écologique (corrélation à des variables environnementales). Je me suis également intéressée à l’histoire démographique et adaptative du maïs européen, qui a subi deux introductions indépendantes à partir du continent américain. L’admixture entre des populations du Sud et du Nord a permis l’adaptation aux latitudes moyennes dans ces deux continents. Nous avons aussi découvert des régions génomiques avec un niveau inhabituel d’hétérozygotie résiduelle, que nous avons interprété comme le résultat d’une sélection contre la dépression de consanguinité.

Projets en cours

• Adaptation locale le long de gradient d’altitude de populations de téosintes
  Ce travail a consisté en des collectes de populations naturelles de téosintes, l’obtention de données de séquençage à haut-débit au niveau populationnel, la description du contenu en ET des génomes, la découverte de locus ciblés par la sélection, la caractérisation d’un syndrome d’adaptation à l’altitude grâce à des expériences de jardins communs, l’établissement de lien entre variation génotypique et phénotypique par une approche de génétique d’association.

• Evolution expérimentale chez le maïs
  Nous avons mené deux expériences de sélection divergente pour la date de floraison dans deux fonds génétiques homogènes (lignées de maïs) sur 20 générations. Les populations obtenues présentent des décalages importants de date de transition florale. La réponse à la sélection est significative et continue; elle résulte de la fixation d’hétérozygotie résiduelle et de nouvelles mutations. Cette réponse se traduit au niveau transcriptionnelle par de la convergence génétique entre les lignées de maïs. Nous étudions la dynamique de fixation et les effets des mutations en combinant simulations et génétique d’association. Nous nous interrogeons également sur l’impact des changements phénologiques sur le microbiome rhizosphèrique.

• Déterminants de l’association maïs-haricot
  Contrairement à la sélection naturelle et humaine qui agit depuis des millénaires dans un contexte d’assemblage multi-spécifique, les interactions biotiques sont minimisées dans les agroécosystèmes modernes. Nous nous focalisons sur l’association maïs-haricot, encore pratiquée dans certains systèmes d’agriculture traditionnels européens. Nous nous intéressons au potentiel bénéfice de ce partenariat biologique avec des synergies qui pourraient résulter de processus de complémentarité et/ou de facilitation. Nous intégrons des enquêtes sur les pratiques, des mesures agronomiques, des études génétiques pour étudier son histoire évolutive et les déterminants de son succès. Plus généralement au travers du projet INCREASE (https://www.pulsesincrease.eu/) nous souhaitons promouvoir la description, la préservation et l’utilisation des ressources génétiques de légumineuses alimentaires. En savoir plus sur une Expérience de Science Citoyenne.

• Isolement reproducteur entre sauvages et domestiques
  Nous abordons ici des questions telles que: Quelle est l’étendue des barrières reproductives entre les espèces sauvages et domestiques? Quels sont les liens entre barrières reproductives, divergences historiques, génomiques et phénotypiques? Quels sont les déterminants moléculaires de ces barrières?

Communauté

• Co-animation d’initiatives locales
  Master EvoGEM Séminaires: Evolmol et Evolution en île de France
  Comité scientifique: GDR AIEM, Approche interdisciplinaire de l’évolution moléculaire
• Editrice associée de la revue Genome Biology and Evolution

Parcours académique CV détaillé

• Chercheuse CNRS, GQE-Le Moulon (depuis 2002)
• Médaille de bronze du CNRS 2011
• Mise à disposition (sabbatique), Gaut lab à UC Irvine CA (2009-2011)
• HDR en 2009 (Université Paris-Sud)
• Postdoc Gaut lab à UC Irvine CA (1999-2002)
• Master et Doctorat, Lab. Evolution et Systématique, Université Paris-Sud (1995-1999)

Publications

Liste des publications