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Génétique Quantitative et Évolution - Le Moulon

GQMS - Génétique Quantitative et Méthodologie de la Sélection

Nos recherches sont caractérisées par une approche de la génétique quantitative étroitement liée à la méthodologie de la sélection et à la gestion de la variabilité génétique. Elles visent en particulier à :

  • comprendre l’effet des sélections anciennes et modernes sur l’évolution et l’adaptation des variétés populations et hybrides chez le maïs, en termes de variation phénotypique, d’organisation globale de la diversité moléculaire et de polymorphisme de locus spécifiques
  • étudier le déterminisme des caractères quantitatifs, en vue d'applications directes en sélection assistée par marqueurs et pour mieux évaluer la nature des effets génétiques en cause. Une attention particulière est portée à la précocité de floraison, la productivité sous contrainte environnementale abiotique et la vigueur hybride
  • optimiser le processus de sélection, des ressources génétiques à la création de variétés.

Ces recherches reposent sur des travaux théoriques et expérimentaux, le développement d'approches statistiques et d'outils d'aide à la décision. Les travaux expérimentaux impliquent la création de matériel original chez le maïs, du marquage moléculaire et des évaluations phénotypiques, réalisés par les membres de l'équipe et un fort appui des structures expérimentales de l’INRA.


GQMS est rattachée au LabEx SPS, Sciences des Plantes de Saclay.

Membres

  • Cyril Bauland Ingénieur de Recherche (INRAE)
  • Aurélien Beugnot Doctorant (INRAE)
  • Alain Charcosset Directeur de Recherche (INRAE)
  • Valérie Combes Assistante Ingénieure (INRAE)
  • Julie Fiévet Associate Professor (AgroParisTech)
  • Margaux Julien Assistant Professor (AgroParisTech)
  • Alizarine Lorenzi (INRAE)
  • Delphine Madur (INRAE)
  • Tristan Mary-Huard Junior Investigator (INRAE)
  • Laurence Moreau Directrice de Recherche (INRAE)
  • Stéphane Nicolas Chargé de Recherche (INRAE)
  • Sophie Pin (INRAE)
  • Dimitri Sanchez Doctorant (INRAE)

Publications

Allier A, 20 janvier 2020, Contributions to genetic diversity management in maize breeding programs using genomic selection
Allier A, Moreau L, Charcosset A, Teyssèdre S, Lehermeier C. (2019) Usefulness Criterion and Post-selection Parental Contributions in Multi-parental Crosses: Application to Polygenic Trait Introgression. G3: Genes, Genomes, Genetics, 5 (9) 1469-1479
Allier A, Teyssèdre S, Lehermeier C, Claustres B, Maltese S, Melkior S, Moreau L, Charcosset A. (2019) Assessment of breeding programs sustainability: application of phenotypic and genomic indicators to a North European grain maize program. Theor Appl Genet, 5 (132) 1321-1334
Allier A, Teyssèdre S, Lehermeier C, Charcosset A, Moreau L. (2019) Genomic prediction with a maize collaborative panel: identification of genetic resources to enrich elite breeding programs. Theor Appl Genet,
Allier A, Lehermeier C, Charcosset A, Moreau L, Teyssèdre S. (2019) Improving Short- and Long-Term Genetic Gain by Accounting for Within-Family Variance in Optimal Cross-Selection. Front. Genet., (10) 1006
Boussardon C, Martin-Magniette ML, Godin B, Benamar A, Vittrant B, Citerne S, Mary-Huard T, Macherel D, Rajjou L, Budar F. (2019) Novel Cytonuclear Combinations Modify Arabidopsis thaliana Seed Physiology and Vigor. Front Plant Sci, (10) 32
Courret C, Gérard PR, Ogereau D, Falque M, Moreau L, Montchamp-Moreau C. (2019) X-chromosome meiotic drive in Drosophila simulans: a QTL approach reveals the complex polygenic determinism of Paris drive suppression. Heredity, 6 (122) 906-915
Forst E, Enjalbert J, Allard V, Ambroise C, Krissaane I, Mary-Huard T, Robin S, Goldringer I. (2019) A generalized statistical framework to assess mixing ability from incomplete mixing designs using binary or higher order variety mixtures and application to wheat. Field Crops Research, (242) 107571
Fustier MA, Martínez-Ainsworth NE, Aguirre-Liguori JA, Venon A, Corti H, Rousselet A, Dumas F, Dittberner H, Camarena MG, Grimanelli D, Ovaskainen O, Falque M, Moreau L, Meaux J, Montes-Hernández S, Eguiarte LE, Vigouroux Y, Manicacci D, Tenaillon MI. (2019) Common gardens in teosintes reveal the establishment of a syndrome of adaptation to altitude. PLOS Genetics, 12 (15) e1008512
Mabire C, 2019-04-23 23/04/19, Contribution des variations structurales de type insertions/délétions à l'adaptation, la variation des caractères et les performances hybrides chez le maïs
Mabire C, Duarte J, Darracq A, Pirani A, Rimbert H, Madur D, Combes V, Vitte C, Praud S, Rivière N, Joets J, Pichon JP, Nicolas SD. (2019) High throughput genotyping of structural variations in a complex plant genome using an original Affymetrix® axiom® array. BMC Genomics, 1 (20) 848
Mangin B, Rincent R, Rabier CE, Moreau L, Goudemand-Dugue E. (2019) Training set optimization of genomic prediction by means of EthAcc. PLOS ONE, 2 (14) e0205629
Millet EJ, Kruijer W, Coupel-Ledru A, Prado SA, Cabrera-Bosquet L, Lacube S, Charcosset A, Welcker C, Eeuwijk F, Tardieu F. (2019) Genomic prediction of maize yield across European environmental conditions. Nat Genet, 6 (51) 952-956
Negro SS, Millet EJ, Madur D, Bauland C, Combes V, Welcker C, Tardieu F, Charcosset A, Nicolas SD. (2019) Genotyping-by-sequencing and SNP-arrays are complementary for detecting quantitative trait loci by tagging different haplotypes in association studies. BMC Plant Biol., 1 (19) 318
Rio S, 2019-04-26 26/04/19, Contributions to genomic selection and association mapping in structured and admixed populations : application to maize
Rio S, Mary-Huard T, Moreau L, Charcosset A. (2019) Genomic selection efficiency and a priori estimation of accuracy in a structured dent maize panel. Theor Appl Genet, 1 (132) 81-96
Seye A, 2019-03-21 21/03/19, Prédiction assistée par marqueurs de la performance hybride dans un schéma de sélection réciproque : simulations et évaluation expérimentale pour le maïs ensilage
Seye AI, Bauland C, Giraud H, Mechin V, Reymond M, Charcosset A, Moreau L. (2019) Quantitative trait loci mapping in hybrids between Dent and Flint maize multiparental populations reveals group-specific QTL for silage quality traits with variable pleiotropic effects on yield. Theor Appl Genet, 5 (132) 1523-1542
Virlouvet L, El Hage F, Griveau Y, Jacquemot MP, Gineau E, Baldy A, Legay S, Horlow C, Combes V, Bauland C, Palafre C, Falque M, Moreau L, Coursol S, Méchin V, Reymond M. (2019) Water Deficit-Responsive QTLs for Cell Wall Degradability and Composition in Maize at Silage Stage. Front. Plant Sci., (10) 488
Darracq A, Vitte C, Nicolas S, Duarte J, Pichon JP, Mary-Huard T, Chevalier C, Bérard A, Le Paslier MC, Rogowsky P, Charcosset A, Joets J. (2018) Sequence analysis of European maize inbred line F2 provides new insights into molecular and chromosomal characteristics of presence/absence variants. BMC Genomics, 1 (19) 119
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Laporte F, 2018-03-13 13/03/18, Développement de méthodes statistiques pour l’identification de gènes d’intérêt en présence d’apparentement et de dominance, application à la génétique du maïs
Brandenburg JT, Mary-Huard T, Rigaill G, Hearne SJ, Corti H, Joets J, Vitte C, Charcosset A, Nicolas SD, Tenaillon MI. (2017) Independent introductions and admixtures have contributed to adaptation of European maize and its American counterparts. PLOS Genetics, 3 (13) e1006666
Cañas RA, Yesbergenova-Cuny Z, Simons M, Chardon F, Armengaud P, Quilleré I, Cukier C, Gibon Y, Limami AM, Nicolas S, Brulé L, Lea PJ, Maranas CD, Hirel B. (2017) Exploiting the Genetic Diversity of Maize Using a Combined Metabolomic, Enzyme Activity Profiling, and Metabolic Modeling Approach to Link Leaf Physiology to Kernel Yield. The Plant Cell, 5 (29) 919-943
Giraud H, Bauland C, Falque M, Madur D, Combes V, Jamin P, Monteil C, Laborde J, Palaffre C, Gaillard A, Blanchard P, Charcosset A, Moreau L. (2017) Reciprocal Genetics: Identifying QTL for General and Specific Combining Abilities in Hybrids Between Multiparental Populations from Two Maize (Zea mays L.) Heterotic Groups. Genetics, 3 (207) 1167-1180
Gouesnard B, Negro S, Laffray A, Glaubitz J, Melchinger A, Revilla P, Moreno-Gonzalez J, Madur D, Combes V, Tollon-Cordet C, Laborde J, Kermarrec D, Bauland C, Moreau L, Charcosset A, Nicolas S. (2017) Genotyping-by-sequencing highlights original diversity patterns within a European collection of 1191 maize flint lines, as compared to the maize USDA genebank. Theor Appl Genet, 10 (130) 2165-2189
Mary-Huard T, 2017-06-12 06/12/17, Some contributions to statistical modeling and model selection with applications to genomics and quantitative genetics
Moreau L, 2017-06-13 13/06/17, Utilisation des marqueurs en sélection : des QTL à la Sélection Génomique
Giraud H, 2016-01-22 22/01/16, Genetic analysis of hybrid value for silage maize in multiparental designs : QTL detection and genomic selection
Millet E, Welcker C, Kruijer W, Negro S, Nicolas S, Coupel-Ledru A, Bauland C, Praud S, Ranc N, Presterl T, Tuberosa R, Bedo Z, Draye X, Usadel B, Charcosset A, van Eeuwijk F, Tardieu F. (2016) Genome-wide analysis of yield in Europe: allelic effects as functions of drought and heat scenarios. Plant physiology, 2 (172) 749-764
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Bel L, Daudin JJ, Etienne M, Lebarbier E, Mary-Huard T, Robin S, Vuillet C, Daudin JJ. (2015) Plans d’expérience. , 218-246
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Rincent R, Moreau L, Monod H, Kuhn E, Melchinger AE, Malvar RA, Moreno-Gonzalez J, Nicolas S, Madur D, Combes V, Dumas F, Altmann T, Brunel D, Ouzunova M, Flament P, Dubreuil P, Charcosset A, Mary-Huard T. (2014) Recovering power in association mapping panels with variable levels of linkage disequilibrium. Genetics, 1 (197) 375-87
Rincent R, Nicolas S, Bouchet S, Altmann T, Brunel D, Revilla P, Malvar RA, Moreno-Gonzalez J, Campo L, Melchinger AE, Schipprack W, Bauer E, Schoen CC, Meyer N, Ouzunova M, Dubreuil P, Giauffret C, Madur D, Combes V, Dumas F, Bauland C, Jamin P, Laborde J, Flament P, Moreau L, Charcosset A. (2014) Dent and Flint maize diversity panels reveal important genetic potential for increasing biomass production. Theor Appl Genet, 11 (127) 2313-31
Rincent R, 2014-11-04 11/04/14, Optimization of association genetics and genomic selection strategies for populations of different diversity levels. Application in maize (Zea mays L.)
Valente F, Gauthier F, Bardol N, Blanc G, Joets J, Charcosset A, Moreau L, Fleury D, Whitford R. (2014) OptiMAS: A Decision Support Tool to Conduct Marker-Assisted Selection Programs. , (1145) 97-116
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Bouchet S, Servin B, Bertin P, Madur D, Combes V, Dumas F, Brunel D, Laborde J, Charcosset A, Nicolas S. (2013) Adaptation of maize to temperate climates: mid-density genome-wide association genetics and diversity patterns reveal key genomic regions, with a major contribution of the Vgt2 (ZCN8) locus. PloS one, 8 (8) e71377
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Rincent R, Laloe D, Nicolas S, Altmann T, Brunel D, Revilla P, Rodriguez VM, Moreno-Gonzalez J, Melchinger A, Bauer E, Schoen CC, Meyer N, Giauffret C, Bauland C, Jamin P, Laborde J, Monod H, Flament P, Charcosset A, Moreau L. (2012) Maximizing the reliability of genomic selection by optimizing the calibration set of reference individuals: comparison of methods in two diverse groups of maize inbreds (Zea mays L.). Genetics, 2 (192) 715-28
Truntzler M, Ranc N, Sawkins MC, Nicolas S, Manicacci D, Lespinasse D, Ribiere V, Galaup P, Servant F, Muller C, Madur D, Betran J, Charcosset A, Moreau L. (2012) Diversity and linkage disequilibrium features in a composite public/private dent maize panel: consequences for association genetics as evaluated from a case study using flowering time. TAG. Theoretical and applied genetics. Theoretische und angewandte Genetik, 4 (125) 731-47
Charcosset A, Moreau L, Ricroch A, Dattée Y, Fellous M. (2011) Cartographie de QTL, génétique d’association et application en sélection. , 112-125
Dereeper A, Nicolas S, Le Cunff L, Bacilieri R, Doligez A, Peros JP, Ruiz M, This P. (2011) SNiPlay: a web-based tool for detection, management and analysis of SNPs. Application to grapevine diversity projects. BMC bioinformatics, (12) 134
Fiévet JB, Gallais A, de Vienne D, Prioul JL, Thévenot C, Molnar T, Mike Burrel . (2011) Heterosis, inbreeding depression and hybrid varieties. , 67-87
Hirel B, Gallais A, Prioul JL, Thévenot C, Molnar T, Mike Burrel . (2011) Nitrogen use efficiency – Physiological, molecular and genetic investigations towards crop improvement. , 285-310
Moreau L, Charcosset A, Prioul JL, Thévenot C, Molnar T, Mike Burrel . (2011) Marker-assisted selection in maize. , 411-434