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Génétique Quantitative et Évolution - Le Moulon

ECLECTIC - Ecological genomics of multi-species interactions

Bienvenue dans l’équipe ECLECTIC dirigée par Amandine Cornille au laboratoire Génétique Quantitative et Evolution-Le Moulon, Univ. Paris Saclay!

Nous utilisons des combinaisons de diverses approches (expériences en laboratoire, travaux de terrain, modélisation, biologie moléculaire, génétique des populations et génomique) pour contribuer à la compréhension des mécanismes écologiques et évolutifs à l’origine de la diversité des plantes, et de leurs symbiotes associés (parasites, mutualistes), et à la manière dont ils évoluent et s’adaptent à leur environnement.

Amandine Cornille a reçu le prix Paoletti du CNRS 2020 pour ses recherches en tant que jeune chercheuse dans le domaine de la biologie!

photo apple sylvestris

ECLECTIC est rattaché au LabEx SPS (Sciences des Plantes de Saclay) et à l’école doctorale SEVE.

Voir comment rejoindre l’équipe ELECTIC à la fin de cette page web!

MEMBERS

Amandine Cornille
Amandine Cornille (she/her/hers) est chercheure Classe Normale (CN) CNRS et cheffe d’équipe de l’équipe ECLECTIC @CornilleAmand

Anthony Venon
Anthony Venon (he/him/his) est technicien INRAE, et développe de nouvelles méthodes de séquençage dans le cadre des multiples projets menés par l’équipe sur les fruitiers et les pucerons.

Amandine Hansart
Amandine Hansart (she/her/hers) est ingénieure d’études CNRS en agroécologie, et organise les mesures de terrain et programmes de médiation scientifique de l’équipe sur les vergers sur l’impact des changements globaux sur la biodiversité.

Sergio Vazquez
Sergio Vazquez (he/him/his) est en thèse (école doctorale SEVE) sur les bases écologiques et génomiques de l’adaptation chez le puceron cendré du pommier, sous l’encadrement d’Amandine Cornille. Il a un Master en Science de l’Université de Tsukuba, Japan (2017-2019).

Xilong Chen
Xilong Chen (he/him/his) est postdoctorant encadré par Amandine Cornille et travaille sur les procesus d’adaptation chez les pommiers durant la domestication. Il est docteur diplômé de la Northwest A&F University en Chine.

Célia Lougmani
Célia Lougmani (she/her/hers) est étudiante en thèse depuis Octobre 2022 (INRAE et CLAND) encadrée par Amandine Cornille, Karine Alix et Véronique Decroocq (INRAE Bordeaux), et travaille sur les mécanismes d’adaptation des amandiers et abricotiers durant la domestication.

YuqiNie
Yuqi Nie (he/him/his) est en thèse (Chinese Science Council, école doctorale “Science du Végétal” ED 567) encadré par Amandine Cornille, sur les mécanismes d’adaptation des poiriers pendant la domestication.

Jorge_sandoval
Jorge Sandoval (he, him, his) est un étudiant en master 2 international en amélioration variétale (Unilasalle, France; UPV, Spain) réalisant son stage de Master 2 sur la réponse des pommiers sauvages au changement climatique. Il est encadré par Amandine Cornille, Xilong Chen, et Stéphane Bazot. Son stage est financé par la Fondation de la recherche pour la biodiversité et le réseay ECOTRON-ANEE

FUNDING

photo de l'équipe1
Fondation de la Recherche pour la Biodiversité

photo de l'équipe1
ANR JCJC 2021-2025: Population genomics of TEs in trees (PLEASURE).

photo de l'équipe1
IDEEV 2021: Role of TEs in the responses of fruit trees to abiotic and biotic stresses

La Diagonale “Coup de pouce” 2020 “Ya comme un pépin pour la planète”

photo de l'équipe1
ECOTRON project 2020-2021 : Effet du changement climatique sur les pommiers sauvages apparentés au pommier cultivé. [http://www.cereep.ens.fr/spip.php?article9&lang=fr]

photo de l'équipe1
ATIP-Avenir 2019-2021: Bases génomiques de l’adaptation locale dans les interactions pucerons-arbres fruitiers.

photo de l'équipe1
Projet européen INTERREG France-Wallonie-Vlaanderen « PROVERBIO 2019-2022: “Protection des vergers par lutte biologique : une sélection adaptée des auxiliaires”", avec le soutien du Fonds européen de développement régional, Met steun van het Europees Fonds voor Regionale Ontwikkeling

La Diagonale “Coup de pouce” 2019 “Ya comme un pépin”

photo de l'équipe1
IDEEV 2020: Bases moléculaires de l’interaction puceron-bactérie.

European LEADER project: Installation d’un verger de pommiers sauvages sur le plateau de Saclay.

photo de l'équipe1
IDEEV 2017 and 2018: Assemblage de novo du génome du puceron cendré du pommier.

photo de l'équipe1
LabEX Biodiversity Agrosystem Climate and Society Emergence project 2016-2018 “Conséquences de la domestication sur l’adaptation des ravageurs à leur hôte, les arbres fruitiers”.

COLLABORATORS

Karine Alix, AgroParisTech, France

Arnaud Lemarquand et Frédérique Didelot à l’Unité expérimentale horticale INRAE (UEH), France

Camille Meslin, iEES, France

Emmanuelle Jacquin-Joly, iEES, France

Fabrice Legeai, INRAE, Rennes, France

Véronique Decroocq, INRAE, Bordeaux, France

Yann Bourgeois, Porthmouth University, UK

David Chagné, The New Zealand Institute for Plant & Food Research, NZ

Stéphane Bazot, Univ. Paris Saclay, France

Dominique Lavenier, INRIA, Rennes, France

Tatiana Giraud, Univ. Paris Saclay, France

Maud Tenaillon, Univ. Paris Saclay

Ammar Alhmedi and Tim Bellien, PC-Fruit, Belgium

Enrique Dapena and Marcos Minarros, SERIDA, Asturias, Spain

Jia-Long Yao, The New Zealand Institute for Plant & Food Research Limited, Auckland

Clément Lafon-Placette, Univ. Charles, Pragues, Czech Republic

Hamed Yousefzadeh, Univ. Tarbiat Modares, Iran

JOIN THE ECLECTIC LAB

Nous sommes toujours à la recherche d’excellent(e)s étudiant(e)s et postdocs pour rejoindre le laboratoire!

Vous êtes au bon endroit si vous êtes passionné(e) par les questions d’écologie, d’évolution, de génomique, ainsi que par les conséquences appliquées de ces découvertes. Les futur(e)s étudiant(e)s en licence, master, doctorat ou postdocs intéressé(e)s doivent d’abord envoyer un mail à Amandine Cornille (amandine.cornille[a]cnrs.fr), leur CV et une brève description de leurs intérêts de recherche, de leur parcours, de leurs objectifs de carrière et des raisons pour lesquelles ils souhaitent rejoindre l’équipe d’Amandine Cornille.

CONTACT

Génétique Quantitative et Évolution - Le Moulon
Ferme du Moulon
F-91190 Gif-sur-Yvette
e-mail : amandine.cornille[at]inrae.fr or amandine.cornille[at]universite-paris-saclay.fr
Phone: + 33 1 69 33 23 52
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Twitter : [@CornilleAmand] & [@PommierVerger]


ECLECTIC est rattachée au LabEx SPS, Sciences des Plantes de Saclay.

Membres

  • Xilong Chen CDD Recherche (CNRS)
  • Amandine Cornille Group leader (CNRS)
  • Sergio Vazquez Doctorant (INRAE)
  • Anthony Venon Technicien de Recherche (INRAE)

Anciens membres

Pierre Colençon Licence (2022), Alexis Trang Master 2 (2022), Augusta Teresa Licence (2022), Ian Fiorino Licence (2022), Remi Seraphin Master 2 (2021-2022), Alexander Gavrilov Research visitor (2022), Manuel Derrien Licence 3 Pro (2021-2022), Yongshua Jiang Research visitor (2020-2022), Marie Bouchaud Master 2 (2021), Anne Flore Didelot Master 2 (2021), Eglantine Berger BTS ENCPB (2021), Arsene Arvyn BTS ENCPB (2021), Quentin Marcou Licence 3 Pro (2021), Aurélien Boulez Master 2 (2021), Noémie Delprouve Master 2 (2021), Aurélien Forler Licence 3 (2020), Thomas Kazmareck Doctorante (2019-2020), Ana Agapito Master 2 (2019), Albert Kwarterg Master 2 (2019), Hamid Bina PhD candidate (2019)

Publications

  • Chen X. , Cornille A. , An H., Xing L., Ma J., Zhao C., Wang Y., Han M., Dong Z.. (2022) The East Asian wild apples, Malus baccata (L.) Borkh and Malus hupehensis (Pamp.) Rehder., are additional contributors to the genomes of cultivated European and Chinese varieties. Molecular Ecology, (accepted)
  • Cornille A. , Ebert D., Stukenbrock E., Rodríguez de la Vega RC., Tiffin P., Croll D., Tellier A.. (2022) Unraveling coevolutionary dynamics using ecological genomics. Trends in Genetics, (accepted)
  • Bina H., Yousefzadeh H., Venon A. , Remoué arine., Rousselet A., Falque M., Faramarzi S., Chen X. , Samanchina J., Gill D., Kabaeva A., Giraud T., Hossainpour B., Abdollahi H., Gabrielyan I., Nersesyan A., Cornille A. . (2021) Evidence of an additional center of apple domestication in Iran, with contributions from the Caucasian crab apple. bioRxiv, 2021.03.28.437401
  • Brisou G., Piquerez SJM., Minoia S., Marcel F., Cornille A. , Carriero F., Boualem A., Bendahmane A.. (2021) Induced mutations in SlE8 and SlACO1 control tomato fruit maturation and shelf-life. Journal of Experimental Botany, erab330
  • Chen X. , Cornille A. , An N., Xing L., Ma J., Zhao C., Wang Y., Han M., Zhang D.. (2021) The Siberian wild apple is an additional contributor to the genome of the cultivated European and Chinese apple. bioRxiv,
  • Denoirjean T., Doury G., Cornille A. , Chen X. , Hance T., Ameline A.. (2021) Genetic structure of Malus sylvestris and potential link with preference/performance by the rosy apple aphid pest Dysaphis plantaginea. Scientific Reports, 1 (11) 5732
  • Groppi A., Liu S., Cornille A. , Decroocq S., Decroocq D.. (2021) Population genomics of apricots unravels domestication history and adaptive events. Nature Communications, (12) 3956
  • Koupilová K., Koubek T., Cornille A. , Janovský Z.. (2021) Local maladaptation of the anther-smut fungus parasitizing Dianthus carthusianorum. European Journal of Plant Pathology, 2 (160) 365-374
  • Olvera-Vazquez SG., Alhmedi A., Miñarro M., Shykoff JA., Marchadier E., Rousselet A., Remoué C., Gardet R., Degrave A., Robert P., Chen X. , Porchier J., Giraud T., Vander-Mijnsbrugee K., Raffoux X., Falque M., Alins G., Didelot F., Beliën T., Dapena E., Lemarquand A., Cornille A. . (2021) Experimental test for local adaptation of the rosy apple aphid (Dysaphis plantaginea) to its host (Malus domestica) and to its climate in Europe. PCI Ecology, (Pre-registration version)
  • Olvera-Vazquez SG., Remoué C., Venon A. , Rousselet A., Grandcolas O., Azrine M., Momont L., Galan M., Benoit L., David GM., Alhmedi A., Beliën T., Alins G., Franck P., Haddioui A., Jacobsen SK., Andreev R., Simon S., Sigsgaard L., Guibert E., Tournant L., Gazel F., Mody K., Khachtib Y., Roman A., Ursu TM., Zakharov IA., Belcram H., Harry M., Roth M., Simon JC., Oram S., Ricard JM., Agnello A., Beers EH., Engelman J., Balti I., Salhi-Hannachi A., Zhang H., Tu H., Mottet C., Barrès B., Degrave A., Razmjou J., Giraud T., Falque M., Dapena E., Miñarro M., Jardillier L., Deschamps P., Jousselin E., Cornille A. . (2021) Large-scale geography survey provides insights into the colonization history of a major aphid pest on its cultivated apple host in Europe, North America and North Africa. Peer Community Journal, (1)
  • İltaş Ömer., Svitok M., Cornille A. , Schmickl R., Lafon Placette C.. (2021) Early evolution of reproductive isolation: A case of weak inbreeder/strong outbreeder leads to an intraspecific hybridization barrier in Arabidopsis lyrata. Evolution, 6 (75) 1466-1476
  • Cornille A. , Tiret M., Salcedo A., Huang H., Orsucci M., Milesi P., Kryvokhyzha D., Holm K., Ge XJ., Stinchcombe JR., Glemin S., Wright SI., Lascoux M.. (2020) Phenotypic plasticity, population structure and adaptation in a young weed species with a worldwide distribution. bioRxiv,
  • Hartmann FE., Snirc A., Cornille A. , Godé C., Touzet P., Van Rossum F., Fournier E., Le Prieur S., Shykoff J., Giraud T.. (2020) Congruent population genetic structures and divergence histories in anther-smut fungi and their host plants Silene italica and the S. nutans species complex. Molecular Ecology, n/a (n/a)
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  • Hartmann FE., Rodríguez de la Vega RC., Carpentier F., Gladieux P., Cornille A. , Hood ME., Giraud T.. (2019) Understanding Adaptation, Coevolution, Host Specialization, and Mating System in Castrating Anther-Smut Fungi by Combining Population and Comparative Genomics. Annu. Rev. Phytopathol., 1 (57) annurev-phyto-082718-095947
  • Liu S., Cornille A. , Decroocq S., Tricon D., Chague A., Eyquard JP., Liu WS., Giraud T., Decroocq V.. (2019) The complex evolutionary history of apricots: species divergence, gene flow and multiple domestication events. Mol Ecol, mec.15296
  • Peace CP., Bianco L., Troggio M., van de Weg E., Howard NP., Cornille A. , Durel CE., Myles S., Migicovsky Z., Schaffer RJ., Costes E., Fazio G., Yamane H., van Nocker S., Gottschalk C., Costa F., Chagné D., Zhang X., Patocchi A., Gardiner SE., Hardner C., Kumar S., Laurens F., Bucher E., Main D., Jung S., Vanderzande S.. (2019) Apple whole genome sequences: recent advances and new prospects. Hortic Res, 1 (6) 59
  • Ruhsam M., Jessop W., Cornille A. , Renny J., Worrell R.. (2019) Crop-to-wild introgression in the European wild apple Malus sylvestris in Northern Britain. Forestry (Lond), 1 (92) 85-96
  • Volk GM., Cornille A. , Korban SS.. (2019) Genetic Diversity and Domestication History in Pyrus. , 51-62
  • Amirchakhmaghi N., Yousefzadeh H., Hosseinpour B., Espahbodi K., Aldaghi M., Cornille A. . (2018) First insight into genetic diversity and population structure of the Caucasian wild apple (Malus orientalis Uglitzk.) in the Hyrcanian forest (Iran) and its resistance to apple scab and powdery mildew. Genet Resour Crop Evol, 4 (65) 1255-1268
  • Besnard G., Terral JF., Cornille A. . (2018) On the origins and domestication of the olive: a review and perspectives. Annals of botany, 3 (121) 385-403
  • Feurtey A., Cornille A. , Shykoff JA., Snirc A., Giraud T.. (2017) Crop‐to‐wild gene flow and its fitness consequences for a wild fruit tree: Towards a comprehensive conservation strategy of the wild apple in Europe. Evolutionary Applications, 2 (10) 180-188
  • Petit E., Silver C., Cornille A. , Gladieux P., Rosenthal L., Bruns E., Yee S., Antonovics J., Giraud T., Hood ME.. (2017) Co-occurrence and hybridization of anther-smut pathogens specialized on Dianthus hosts. Molecular Ecology, 7 (26) 1877-1890
  • Cornille A. , Salcedo A., Kryvokhyzha D., Glémin S., Holm K., Wright SI., Lascoux M.. (2016) Genomic signature of successful colonization of Eurasia by the allopolyploid shepherd's purse (Capsella bursa-pastoris). Molecular Ecology, 2 (25) 616–629
  • Decroocq S., Cornille A. , Tricon D., Babayeva S., Chague A., Eyquard JP., Karychev R., Dolgikh S., Kostritsyna T., Liu S., Liu W., Geng W., Liao K., Asma BM., Akparov Z., Giraud T., Decroocq V.. (2016) New insights into the history of domesticated and wild apricots and its contribution to Plum pox virus resistance. Molecular Ecology, 19 (25) 4712–4729
  • Feurtey A., Gladieux P., Hood ME., Snirc A., Cornille A. , Rosenthal L., Giraud T.. (2016) Strong phylogeographic co-structure between the anther-smut fungus and its white campion host. New Phytologist, 3 (212) 668-679
  • Kryvokhyzha D., Holm K., Chen X. , Cornille A. , Glémin S., Wright S., Lagercrantz U., Lascoux M.. (2016) The influence of demographic history on gene expression variation in the ubiquitous weed Capsella bursa-pastoris (Brassicaceae). , 1106-21
  • Cornille A. , Feurtey A., Gélin U., Ropars J., Misvanderbrugge K., Gladieux P., Giraud T.. (2015) Anthropogenic and natural drivers of gene flow in a temperate wild fruit tree: a basis for conservation and breeding programs in apples. Evolutionary Applications, n/a-n/a
  • Leforestier D., Ravon E., Muranty H., Cornille A. , Lemaire C., Giraud T., Durel CE., Branca A.. (2015) Genomic basis of the differences between cider and dessert apple varieties. Evolutionary Applications, 7 (8) 650-661
  • Yao JL., Xu J., Cornille A. , Tomes S., Karunairetnam S., Luo Z., Bassett H., Whitworth C., Rees-George J., Ranatunga C., Snirc A., Crowhurst R., de Silva N., Kumar S., Chagne D., Bus V., Volz R., Rikkerink E., Gardiner SE., Giraud T., Newcomb R., MacDiarmid R., Gleave AP.. (2015) A microRNA allele that emerged prior to apple domestication may underlie fruit size evolution. The Plant Journal, 417-427
  • Cornille A. , Giraud T., Smulders MJM., Roldán-Ruiz I., Gladieux P.. (2014) The domestication and evolutionary ecology of apples. Trends in Genetics, 2 (30) 57-65
  • Schnitzler A., Arnold C., Cornille A. , Bachmann O., Schnitzler C.. (2014) Wild European Apple (Malus sylvestris (L.) Mill.) Population Dynamics: Insight from Genetics and Ecology in the Rhine Valley. Priorities for a Future Conservation Programme. PLoS ONE, 5 (9) e96596
  • Yuan JH., Cornille A. , Giraud T., Cheng FY., Hu YH.. (2014) Independent domestications of cultivated tree peonies from different wild peony species. Molecular Ecology, 1 (23) 82-95
  • Cornille A. , Gladieux P., Giraud T.. (2013) Crop-to-wild gene flow and spatial genetic structure in the wild closest relatives of the cultivated apple. Evolutionary Applications, 5 (6) 737-748
  • Cornille A. , Giraud T., Bellard C., Tellier A., Le Cam B., Smulders MJM., Kleinschmit J., Roldan-Ruiz I., Gladieux P.. (2013) Post-glacial recolonization history of the European crabapple (Malus sylvestris Mill.), a wild contributor to the domesticated apple. Molecular Ecology, 8 (22) 2249-63
  • Cornille A. , Underhill JG., Cruaud A., Hossaert-McKey M., Johnson SD., Tolley KA., Kjellberg F., van Noort S., Proffit M.. (2012) Floral volatiles, pollinator sharing and diversification in the fig–wasp mutualism: insights from Ficus natalensis, and its two wasp pollinators (South Africa). Proceedings of the Royal Society of London B: Biological Sciences, 1734 (279) 1731-1739
  • Cornille A. , Gladieux P., Smulders MJ., Roldan-Ruiz I., Laurens F., Le Cam B., Nersesyan A., Clavel J., Olonova M., Feugey L., Gabrielyan I., Zhang XG., Tenaillon MI., Giraud T.. (2012) New insight into the history of domesticated apple: secondary contribution of the European wild apple to the genome of cultivated varieties. PLoS genetics, 5 (8) e1002703
  • Lê Van A., Gladieux P., Lemaire C., Cornille A. , Giraud T., Durel CE., Caffier V., Le Cam B.. (2012) Evolution of pathogenicity traits in the apple scab fungal pathogen in response to the domestication of its host. Evolutionary Applications, 7 (5) 694-704