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Génétique Quantitative et Évolution - Le Moulon

GEvAD - Génomique Evolutive et Adaptation des plantes Domestiquées

Génomique Evolutive et Adaptation des plantes Domestiquées

A partir de la caractérisation des patrons de diversité génomique des plantes domestiquées et de leurs apparentés sauvages: nous étudions l’histoire démographique et sélective de l’émergence et de la diffusion des plantes cultivées; nous analysons la dynamique de leurs génomes; nous caractérisons les bases moléculaires de leurs adaptations; nous explorons la question des flux de gènes entre formes sauvages et domestiques, et les conséquences de l’hybridation interspécifique, à l’origine de nombreuses espèces cultivées allopolyploïdes. Nous employons une approche intégrative alliant outils bioinformatiques et moléculaires, mesures de phénotypes, et génomique des populations et modélisation statistique. Les enseignants-chercheurs de l’équipe dispensent des enseignements en évolution, génétique des populations et quantitative, génomique végétale, amélioration des plantes, biostatistiques, à AgroParisTech et à l’Université Paris-Saclay.

Méthodologies

Emergence et diffusion des plantes cultivées

Adaptation locale - Comment définir des syndromes adaptatifs ? Quels sont les locus présentant des empreintes de sélection spatialisée ? Ces locus sont-ils associés à la variation phénotypique, transcriptomique, épigénétique ?
Pangénomique et adaptation - Quels sont les mécanismes moléculaires à l’origine des variants structuraux (éléments transposables, présence-absence de gènes/larges régions génomiques) ? Comment évoluent-ils ? Quel est leur rôle dans l’adaptation ? Quelle est la fonction des gènes “dispensables” ?
Méthylation de l’ADN et réponses adaptatives - Quel est l’impact des contraintes environnementales sur le méthylome ? Quelles voies de régulation sont impliquées ? Comment les perturbations de méthylation de l’ADN se traduisent-elles au niveau du phénotype ?
Réponse adaptative des réseaux de régulation de l’expression des gènes - Quelle est la dynamique de la réponse adaptative dans des populations soumises à des combinaisons de contraintes ? Dans quelle mesure les réseaux de régulation de l’expression des gènes sont-ils réorganisés en réponse à la sélection ? Quel est le lien entre structure des réseaux et réponse phénotypique ? \

Impact de la sélection humaine sur les interactions biotiques positives

Succès reproducteur des morphes floraux - Comment le dimorphisme floral affecte-t-il les interactions plantes-pollinisateurs, le régime de reproduction, et la valeur sélective des plantes ?
Culture associée maïs-haricot - Quelles sont les origines américaines des variétés de maïs et haricots cultivées en association aujourd’hui en Europe? Comment la diversité de cette culture associée est-elle gérée à la ferme? Quels sont les déterminants génétiques du succès de cette association? \

Dialogue entre formes sauvages et cultivées

Conséquences génomiques de l’hybridation interspécifique - Quelles sont les réponses moléculaires à l’allopolyploïdie (activation d’ET, changements d’expression des gènes et petits ARN non codants) ? Quel est l’impact des variations structurales associées à l’allopolyploïdie sur le répertoire des micro ARN ? Peut-on caractériser les relations entre changements structuraux et fonctionnels ?
Introgressions adaptatives entre formes sauvages et cultivées - Comment les introgressions entre les deux formes ont-elles façonné les génomes ? Quelle est l’architecture génomique de ces introgressions? Quelle est l’implication des ET dans la structuration génomique des complexes d’espèces ?
Isolement reproducteur entre formes sauvages et cultivées - Quelle est l’étendue des barrières à la reproduction ? Quels sont les liens entre ces barrières et les niveaux de divergence historique, génomique, phénotypique ? Quels sont leurs déterminants moléculaires ?


GEvAD est rattachée au LabEx SPS, Sciences des Plantes de Saclay.

Membres

  • Karine Alix Professor (AgroParisTech)
  • Harry Belcram Ingénieur d'étude (INRAE)
  • Noémie Delpouve (INRAE)
  • Maud Fagny Chargée de recherche (INRAE)
  • Pierre Gérard Maître de Conférence (AgroParisTech)
  • Johann Joets Ingénieur de Recherche (INRAE)
  • Martine Le Guilloux Technicienne (CNRS)
  • Domenica Manicacci Maître de Conférence (Université Paris-Saclay)
  • Thomas-Sylvestre Michau PhD student (INRAE)
  • Agnès Rousselet Technicienne (INRAE)
  • Maud Tenaillon Directrice de Recherche (CNRS)
  • Noa Vazeux-Blumental Doctorant (Université Paris-Saclay)
  • Clémentine Vitte Chargée de Recherche (CNRS)
  • Arthur Wojcik PhD student (Université Paris-Saclay)

Anciens membres

Hélène Corti Technicienne (2012-2021), Abirami Soundiramourtty Master2 (2019), Natalia Martinez-Ainsworth Doctorante (2015-2019), Margaux-Alison Fustier Doctorante (2012-2016), Jean-Tristan Brandenburg CDD Recherche (2013-2016), Eleonore Durand Doctorante (2008-2011), Jonathan Corbi Doctorant (2006-2010), Tatiana Zerjal Doctorante (2006-2008)

Publications

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  • Bellucci E., Mario Aguilar O., Alseekh S., Bett K., Brezeanu C., Cook D., De la Rosa L., Delledonne M., Dostatny DF., Ferreira JJ., Geffroy V., Ghitarrini S., Kroc M., Kumar Agrawal S., Logozzo G., Marino M., Mary‐Huard T., McClean P., Meglič V., Messer T., Muel F., Nanni L., Neumann K., Servalli F., Străjeru S., Varshney RK., Vasconcelos MW., Zaccardelli M., Zavarzin A., Bitocchi E., Frontoni E., Fernie AR., Gioia T., Graner A., Guasch L., Prochnow L., Oppermann M., Susek K., Tenaillon M. , Papa R.. (2021) The INCREASE project: Intelligent Collections of food‐legume genetic resources for European agrofood systems. The Plant Journal, 3 (108) 646-660
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