Depuis 2016, Élodie Marchadier et Christine Dillmann de l’équipe BASE et Xavier Raffoux de l’équipe ACEP co-organisent un TP d’évolution en utilisant comme modèle, la bactérie Escherichia coli.
L’objectif du TP est de sélectionner pour la survie en phase stationnaire. Sur une durée de 15 jours, les étudiant.e.s de L1 de Biologie procèdent à 4 repiquages : les bactéries sont transférées dans un milieu nutritif classique (LB) et poussent jusqu’à atteindre la phase stationnaire où la densité maximale en cellules est atteinte. A la fin des 15 jours, les cultures bactériennes ainsi évoluées sont congelées, et réutilisées l’année suivante par une nouvelle promotion d’étudiant.e.s. Le 32ème repiquage vient d’être réalisé.
Les promotions successives comparent chaque année les souches évoluées de l’année en cours et la souche ancêtre (génération 0) de différentes façons : en effectuant des observations au microsope de la morphologie des bactéries ; en réalisant des cinétiques de croissance ; en mesurant l’activité catalase qui témoigne de la réponse au stress oxidatif ; en quantifiant l’abondance des protéines par protéomique quantitative avec l’aide de la plateforme PAPPSO.
Sur ce petit nombre de générations, les résultats analysés en TD par les L1 montrent des signaux subtils de changements d’abondance de protéines. Il faudra encore quelques générations d’étudiants et de bactéries pour dresser un tableau moléculaire plus complet de l’adaptation d’E. coli à la famine !!