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Génétique Quantitative et Évolution - Le Moulon

ACEP - Atelier Cartographie, Expression et Polymorphisme

L’équipe “Atelier Cartographie, Expression, Polymorphisme” (ACEP) est une structure transversale qui intervient en appui aux différentes équipes de l’UMR sur des thématiques de biologie moléculaire et de cartographie génétique. Elle prend en charge en particulier des analyses de polymorphisme de séquence de l’ADN (marquage moléculaire ou séquençage) et des mesures de niveau d’expression de gènes, ainsi que la construction de cartes génétiques et le développement des méthodes et des outils de cartographie. En collaboration avec l’équipe BASE, l’équipe ACEP mène des projets de recherche sur l’analyse du nombre et de la répartition des crossing-overs méiotiques par des approches de cartographie génétique.

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L’équipe ACEP assure une veille technologique pour répondre à l’évolution des besoins de l’UMR en biologie moléculaire et autres analyses de laboratoire. Elle s’occupe de l’acquisition des équipements, de la mise au point des nouveaux protocoles, et coordonne l’utilisation du laboratoire commun de biologie moléculaire où intervient du personnel des différentes équipes de l’UMR. Enfin, l’équipe ACEP accueille régulièrement des étudiants en stage de niveau L3 à M2 et forme du personnel d’autres équipes aux manipulations de biologie moléculaire.

Thèmes d’ACEP

  1. Génotypage et analyse de polymorphisme de séquence de l’ADN

    • Marqueurs microsatellites (SSR) sur gels d’agarose haute-résolution ou polyacrylamide (séquenceurs LiCor).
    • Marqueurs SNP (single-nucleotide polymorphism) par la méthode CAS-PCR (Competitive Allele-Specific PCR) ou sous-traités (méthode KASPar, Illumina Infinium, Affymetrix, ou GBS (Génotypage par Séquençage)).
    • Autres méthodes de génotypage : CAPS (Cleaved Amplified Polymorphic Sequences) ou IDP (Insertion-Deletion Polymorphism) sur séquenceur, AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism), SSAP (Sequence-Specific Amplified Polymorphsim).
    • Analyses de polymorphisme par séquençage “vertical” de séries alléliques dans le cadre de projets de génétique d’association ou d’études de diversité.

  2. Analyse du niveau d’expression de gènes par RT-PCR quantitative en temps réel et RNA-seq

  3. Cartographie génétique

L’équipe fournit un service de construction de cartes génétiques à partir des données de génotypage de populations en ségrégation et développe des outils moléculaires et des logiciels pour la cartographie génétique.


ACEP est rattachée au LabEx SPS, Sciences des Plantes de Saclay.

Membres

Publications

  • Falque M. , Bourgais A., Dumas F. , De Carvalho M., Diblasi C.. (2024) MiniRead: A simple and inexpensive do‐it‐yourself device for multiple analyses of micro‐organism growth kinetics. Yeast, yea.3932
  • Chen X., Avia K., Forler A., Remoué C. , Venon A. , Rousselet A., Lucas G., Kwarteng AO., Rover R., Le Guilloux M., Belcram H., Combes V., Corti H., Olverà-Vazquez S., Falque M. , Alins G., Kirisits T., Ursu TM., Roman A., Volk GM., Bazot S., Cornille A.. (2023) Ecological and evolutionary drivers of phenotypic and genetic variation in the European crabapple [ Malus sylvestris (L.) Mill.], a wild relative of the cultivated apple. Annals of Botany, 6 (131) 1025-1037
  • Desbiez-Piat A., Ressayre A., Marchadier E., Noly A., Remoue C., Vitte C., Belcram H., Bourgais A., Galic N., Guilloux ML., Tenaillon MI., Dillmann C.. (2023) Pervasive GxE interactions shape adaptive trajectories and the exploration of the phenotypic space in artificial selection experiments. Genetics, (in press) 2023.01.13.523786
  • Bina H., Yousefzadeh H., Venon A. , Remoué C. , Rousselet A., Falque M. , Faramarzi S., Chen X., Samanchina J., Gill D., Kabaeva A., Giraud T., Hosseinpour B., Abdollahi H., Gabrielyan I., Nersesyan A., Cornille A.. (2022) Evidence of an additional centre of apple domestication in Iran, with contributions from the Caucasian crab apple Malus orientalis Uglitzk. to the cultivated apple gene pool. Molecular Ecology, 21 (31) 5581-5601
  • Vidal A., Gauthier F., Rodrigez W., Guiglielmoni N., Leroux D., Chevrolier N., Jasson S., Tourrette E., Martin OC., Falque M. . (2022) SeSAM: software for automatic construction of order-robust linkage maps. BMC Bioinformatics, 1 (23) 499
  • Olvera-Vazquez SG., Alhmedi A., Miñarro M., Shykoff JA., Marchadier E., Rousselet A., Remoué C. , Gardet R., Degrave A., Robert P., Chen X., Porchier J., Giraud T., Vander-Mijnsbrugee K., Raffoux X. , Falque M. , Alins G., Didelot F., Beliën T., Dapena E., Lemarquand A., Cornille A.. (2021) Experimental test for local adaptation of the rosy apple aphid (Dysaphis plantaginea) to its host (Malus domestica) and to its climate in Europe. PCI Ecology, (Pre-registration version)
  • Olvera-Vazquez SG., Remoué C. , Venon A. , Rousselet A., Grandcolas O., Azrine M., Momont L., Galan M., Benoit L., David GM., Alhmedi A., Beliën T., Alins G., Franck P., Haddioui A., Jacobsen SK., Andreev R., Simon S., Sigsgaard L., Guibert E., Tournant L., Gazel F., Mody K., Khachtib Y., Roman A., Ursu TM., Zakharov IA., Belcram H., Harry M., Roth M., Simon JC., Oram S., Ricard JM., Agnello A., Beers EH., Engelman J., Balti I., Salhi-Hannachi A., Zhang H., Tu H., Mottet C., Barrès B., Degrave A., Razmjou J., Giraud T., Falque M. , Dapena E., Miñarro M., Jardillier L., Deschamps P., Jousselin E., Cornille A.. (2021) Large-scale geography survey provides insights into the colonization history of a major aphid pest on its cultivated apple host in Europe, North America and North Africa. Peer Community Journal, (1)
  • Carrillo-Perdomo E., Vidal A., Kreplak J., Duborjal H., Leveugle M., Duarte J., Desmetz C., Deulvot C., Raffiot B., Marget P., Tayeh N., Pichon JP., Falque M. , Martin OC., Burstin J., Aubert G.. (2020) Development of new genetic resources for faba bean (Vicia faba L.) breeding through the discovery of gene-based SNP markers and the construction of a high-density consensus map. Sci Rep, 1 (10) 6790
  • Courret C., Gérard PR., Ogereau D., Falque M. , Moreau L., Montchamp-Moreau C.. (2019) X-chromosome meiotic drive in Drosophila simulans: a QTL approach reveals the complex polygenic determinism of Paris drive suppression. Heredity, 6 (122) 906-915
  • Fustier MA., Martínez-Ainsworth NE., Aguirre-Liguori JA., Venon A. , Corti H., Rousselet A., Dumas F. , Dittberner H., Camarena MG., Grimanelli D., Ovaskainen O., Falque M. , Moreau L., Meaux J., Montes-Hernández S., Eguiarte LE., Vigouroux Y., Manicacci D., Tenaillon MI.. (2019) Common gardens in teosintes reveal the establishment of a syndrome of adaptation to altitude. PLOS Genetics, 12 (15) e1008512
  • Kreplak J., Madoui MA., Cápal P., Novák P., Labadie K., Aubert G., Bayer PE., Gali KK., Syme RA., Main D., Klein A., Bérard A., Vrbová I., Fournier C., d’Agata L., Belser C., Berrabah W., Toegelová H., Milec Z., Vrána J., Lee HT., Kougbeadjo A., Térézol M., Huneau C., Turo CJ., Mohellibi N., Neumann P., Falque M. , Gallardo K., McGee R., Tar’an B., Bendahmane A., Aury JM., Batley J., Le Paslier MC., Ellis N., Warkentin TD., Coyne CJ., Salse J., Edwards D., Lichtenzveig J., Macas J., Doležel J., Wincker P., Burstin J.. (2019) A reference genome for pea provides insight into legume genome evolution. Nat Genet, 9 (51) 1411-1422
  • Martinez Palacios P., Jacquemot MP., Tapie M., Rousselet A., Diop M., Remoué C. , Falque M. , Lloyd A., Jenczewski E., Lassalle G., Chévre AM., Lelandais C., Crespi M., Brabant P., Joets J., Alix K.. (2019) Assessing the Response of Small RNA Populations to Allopolyploidy Using Resynthesized Brassica napus Allotetraploids. Mol Biol Evol, 4 (36) 709-726
  • Virlouvet L., El Hage F., Griveau Y., Jacquemot MP., Gineau E., Baldy A., Legay S., Horlow C., Combes V., Bauland C., Palafre C., Falque M. , Moreau L., Coursol S., Méchin V., Reymond M.. (2019) Water Deficit-Responsive QTLs for Cell Wall Degradability and Composition in Maize at Silage Stage. Front. Plant Sci., (10) 488
  • Giraud H., Bauland C., Falque M. , Madur D., Combes V., Jamin P., Monteil C., Laborde J., Palaffre C., Gaillard A., Blanchard P., Charcosset A., Moreau L.. (2017) Linkage Analysis and Association Mapping QTL Detection Models for Hybrids Between Multiparental Populations from Two Heterotic Groups: Application to Biomass Production in Maize (Zea mays L.). G3: Genes, Genomes, Genetics, g3.300121.2017
  • Giraud H., Bauland C., Falque M. , Madur D., Combes V., Jamin P., Monteil C., Laborde J., Palaffre C., Gaillard A., Blanchard P., Charcosset A., Moreau L.. (2017) Reciprocal Genetics: Identifying QTL for General and Specific Combining Abilities in Hybrids Between Multiparental Populations from Two Maize (Zea mays L.) Heterotic Groups. Genetics, 3 (207) 1167-1180
  • Boutet G., Alves Carvalho S., Falque M. , Peterlongo P., Lhuillier E., Bouchez O., Lavaud C., Pilet-Nayel ML., Rivière N., Baranger A.. (2016) SNP discovery and genetic mapping using genotyping by sequencing of whole genome genomic DNA from a pea RIL population. BMC Genomics, (17)
  • Durand E., Tenaillon MI., Raffoux X. , Thépot S., Falque M. , Jamin P., Bourgais A., Ressayre A., Dillmann C.. (2015) Dearth of polymorphism associated with a sustained response to selection for flowering time in maize. BMC Evol Biol, 1 (15) 103
  • Giraud H., Lehermeier C., Bauer E., Falque M. , Segura V., Bauland C., Camisan C., Campo L., Meyer N., Ranc N., Schipprack W., Flament P., Melchinger AE., Menz M., Moreno-Gonzalez J., Ouzunova M., Charcosset A., Schon CC., Moreau L.. (2014) Linkage disequilibrium with linkage analysis of multiline crosses reveals different multiallelic QTL for hybrid performance in the flint and dent heterotic groups of maize. Genetics, 4 (198) 1717-34
  • Sarilar V., Martinez-Palacios P., Rousselet A., Ridel C., Falque M. , Eber F., Chevre AM., Joets J., Brabant P., Alix K.. (2013) Allopolyploidy has a moderate impact on restructuring at three contrasting transposable element insertion sites in resynthesized Brassica napus allotetraploids. The New phytologist, 2 (198) 593-604
  • Ganal MW., Durstewitz G., Polley A., Bérard A., Buckler ES., Charcosset A., Clarke JD., Graner EM., Hansen M., Joets J., Le Paslier MC., McMullen MD., Montalent P., Rose M., Schön CC., Sun Q., Walter H., Martin OC., Falque M. , Lukens L.. (2011) A Large Maize (Zea mays L.) SNP Genotyping Array: Development and Germplasm Genotyping, and Genetic Mapping to Compare with the B73 Reference Genome. PLoS ONE, 12 (6) e28334
  • Rousset M., Bonnin I., Remoue C., Falque M. , Rhone B., Veyrieras JB., Madur D., Murigneux A., Balfourier F., Le Gouis J., Santoni S., Goldringer I.. (2011) Deciphering the genetics of flowering time by an association study on candidate genes in bread wheat (Triticum aestivum L.). TAG. Theoretical and applied genetics. Theoretische und angewandte Genetik, 6 (123) 907-26
  • Virlouvet L., Jacquemot MP., Gerentes D., Corti H., Bouton S., Gilard F., Valot B., Trouverie J., Tcherkez G., Falque M. , Damerval C., Rogowsky P., Perez P., Noctor G., Zivy M., Coursol S.. (2011) The ZmASR1 protein influences branched-chain amino acid biosynthesis and maintains kernel yield in maize under water-limited conditions. Plant physiology, 2 (157) 917-36