Yannick DE OLIVEIRA

Yannick DE OLIVEIRA

Développement logiciel, Bases de données, Gestion des données

 INRAE, Ingénieur d'Études

 yannick.de-oliveira@inrae.fr —   01 69 33 23 76


 Atelier de Bioinformatique et Informatique
 Bioinformatique, Science Ouverte et Systèmes

Implication de Yannick De Oliveira dans axe1 0% axe1 Comprendre et éclairer les mécanismes de l'évolution Axe1 Implication de Yannick De Oliveira dans axe2 30% axe2 Comprendre et prédire les bases génétiques des interactions Axe2 Implication de Yannick De Oliveira dans axe3 70% axe3 Comprendre et mobiliser la diversitée cultivée pour répondre aux attentes des acteurs Axe3
 Publications     x

  • Génétique Quantitative et Évolution - Le Moulon
  • Université Paris-Saclay, INRAE, CNRS, AgroParisTech
  • IDEEV
  • 12 route 128
  • 91190 Gif-sur-Yvette

Expériences

  • Ingénieur en Bioinformatique (2009-…), INRAE
  • Résponsable des développements, support client solutions LIMS (2007-2009), Sibio
  • Ingénieur en Bioinformatique (2004-2007), INRA, FLAGdb++ et UTILLdb, INRA
  • DESS « Etude de Génomes Outils Informatiques et Statistiques » (2004), Rouen.

Activités

Développement logiciel

Membre de l’équipe ABI (ABI-Soft) mes activités sont centrées sur le développement d’outils de gestion des données et de logiciels dédiés à la génétique ainsi que leur mise à disposition auprès de nos communautés d’utilisateurs. Mon rôle est d’assurer le lien entre les équipes de recherche de l’UMR et les développeurs d’ABI-Soft ainsi que définir la stratégie de développement de l’équipe.
L’équipe ABI-Soft développe notamment trois outils de gestion des données : Thaliadb, SHiNeMaS et DiverCILand. Tous ces outils sont développés à l’aide de technologies dans lesquelles l’équipe a aujourd’hui une bonne expertise : Python / Django & Django REST, PostgreSQL. Côté logiciels, BioMercator et OptiMAS sont maintenu par l’équipe sur des technologies Java & R-Shiny..

Référent donnéess

En tant que Référent Données Operationnel (RDO) pour l’unité, je suis amené à accompagner les équipes de l’UMR dans la rédaction de leur Plan de gestion des Données (PGD) et/ou dans leurs démarches relative au Réglement Général pour la Protéction des Données (RGPD). C’est le cas notamment pour le projet ANR Protéger et Cultiver Autrement MoBiDiv . Je veille également à fournir les meilleurs outils possibles aux collègues de l’UMR afin de les accompagner dans le processus de production de données FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, Reusable).

CATI PlantBreed

En tant que co-animateur du CATI PlantBreed (avec Jacques Lagnel, UR GAFL) je participe anuellement à l’organisation du hackathon inter-CATIomique en collaboration avec les animateurs de 4 autres CATI : BARIC , BIOS4Biol , BOOM , GREP .

Publications

  • Sampaio AM., Tralamazza SM., Mohamadi F., De Oliveira Y. , Enjalbert J., Saintenac C., Croll D., Thomma, BPHJ.. (2025) Diversification, loss, and virulence gains of the major effector AvrStb6 during continental spread of the wheat pathogen Zymoseptoria tritici. PLoS Pathog, 3 (21) e1012983
  • De Oliveira Y. , Burlot L., Dawson JC., Goldringer I., Madi D., Rivière P., Steinbach D., van Frank G., Thomas M.. (2020) SHiNeMaS: a web tool dedicated to seed lots history, phenotyping and cultural practices. Plant Methods, 1 (16) 98
  • Lopez Arias DC., Chastellier A., Thouroude T., Bradeen J., Van Eck L., De Oliveira Y. , Paillard S., Foucher F., Hibrand-Saint Oyant L., Soufflet-Freslon V.. (2020) Characterization of black spot resistance in diploid roses with QTL detection, meta-analysis and candidate-gene identification. Theor Appl Genet,
  • Dalmais M., Schmidt J., Le Signor C., Moussy F., Burstin J., Savois V., Aubert G., Brunaud V., De Oliveira Y. , Guichard C., Thompson R., Bendahmane A.. (2008) UTILLdb, a Pisum sativum in silico forward and reverse genetics tool. Genome Biol, 2 (9) R43