logo umr
Génétique Quantitative et Évolution - Le Moulon

GEvAD - Génomique Evolutive et Adaptation des plantes Domestiquées

photo de l'équipe

A partir de la caractérisation des patrons de diversité génomique des plantes domestiquées et de leurs apparentés sauvages: nous étudions l'histoire démographique et sélective de l'émergence et de la diffusion des plantes cultivées; nous analysons la dynamique de leurs génomes; nous caractérisons les bases moléculaires de leurs adaptations et de leurs interactions biotiques; nous explorons les conséquences de l'hybridation interspécifique, à l'origine de nombreuses espèces cultivées allopolyploïdes; nous étudions les flux de gènes entre formes sauvages et domestiques à la fois sous l'angle des introgressions adaptatives, et sous celui de leur isolement reproducteur. Nous employons une approche intégrative alliant outils bioinformatiques et moléculaires, mesures de phénotypes et modélisation statistique. Les enseignants-chercheurs de l'équipe dispensent des enseignements en évolution, génétique des populations et quantitative, génomique végétale, amélioration des plantes, biostatistiques, à AgroParisTech et à l'Université Paris-Saclay.

Méthodologies

Emergence et diffusion des plantes cultivées

Adaptation locale - Comment définir des syndromes adaptatifs ? Quels sont les locus présentant des empreintes de sélection spatialisée ? Ces locus sont-ils associés à de la variation phénotypique, transcriptomique, épigénétique ?
Pangénomique et adaptation - Quels sont les mécanismes moléculaires à l'origine des variants structuraux (éléments transposables, présence-absence de gènes/larges régions génomiques) ? Comment évoluent-ils ? Quel est leur rôle dans l'adaptation ? Quelle est la fonction des gènes “dispensables” ?
Méthylation de l'ADN et réponses adaptatives - Quel est l'impact des contraintes environnementales sur le méthylome ? Quelles voies de régulation sont impliquées ? Comment les perturbations de méthylation de l'ADN se traduisent-elles au niveau du phénotype ?
Réponse adaptative des réseaux de gènes - Quelle est la dynamique de la réponse adaptative dans des petites populations soumises à une sélection artificielle? Comment les réseaux de gènes répondent-ils à cette sélection ? Quel est le lien entre structure des réseaux et réponse phénotypique ?

Impact de la sélection humaine sur les interactions biotiques

Adaptation locale des pathogènes à leurs hôtes ("Projet ATIP Avenir") - Quels sont les facteurs écologiques et les bases génomiques de l'adaptation locale d'un ravageur à son hôte ?
Succès reproducteur des morphes floraux - Comment le dimorphisme floral affecte-t-il les interactions plantes-pollinisateurs, le régime de reproduction, et la valeur sélective des plantes ?

Dialogue entre formes sauvages et cultivées

Conséquences génomiques de l'hybridation interspécifique - Quelles sont les réponses moléculaires à l'allopolyploïdie (activation d'ET, changements d'expression des gènes et petits ARN non codants) ? Quel est l'impact des variations structurales associées à l'allopolyploïdie sur le répertoire des micro ARN ? Peut-on caractériser les relations entre changements structuraux et fonctionnels ?
Introgressions adaptatives entre formes sauvages et cultivées - Comment les introgressions entre les deux formes ont-elles façonné les génomes ? Quelle est l'architecture génomique de ces introgressions? Quelle est l’implication des ET dans la structuration génomique des complexes d’espèces ?
Isolement reproducteur entre formes sauvages et cultivées - Quelle est l'étendue des barrières à la reproduction ? Quels sont les liens entre ces barrières et les niveaux de divergence historique, génomique, phénotypique ? Quels sont leurs déterminants moléculaires ?


GEvAD est rattachée au LabEx SPS, Sciences des Plantes de Saclay.

Membres

  • Karine Alix Professeure (AgroParisTech)
  • Kévin Baudry Postdoctoral Fellow (INRAE)
  • Xilong Chen CDD Recherche (CNRS)
  • Amandine Cornille Junior Investigator (CNRS)
  • Hélène Corti (INRAE)
  • Noémie Delprouve (INRAE)
  • Arnaud Desbiez-Piat Doctorant (Université Paris-Saclay), 50% BASE, 50% GEvAD
  • Maud Fagny Postdoctoral Fellow (INRAE)
  • Justine Floret (INRAE)
  • Pierre Gérard Assistant Professor (AgroParisTech)
  • Jehanne Hilairet (INRAE)
  • Johann Joets Ingénieur de Recherche (INRAE)
  • Thomas Kaczmarek (INRAE)
  • Martine Le Guilloux (CNRS)
  • Jeanne Liger (INRAE)
  • Domenica Manicacci (Université Paris-Saclay)
  • Maeva Mollion Postdoctorante (INRAE)
  • Agnès Rousselet (INRAE)
  • Maud Tenaillon Directrice de Recherche (CNRS)
  • Sergio Vasquez Doctorant (INRAE)
  • Anthony Venon Technicien de Recherche (INRAE)
  • Clémentine Vitte Chargée de Recherche (CNRS)

Publications

Lorant A, Ross-Ibarra J, Tenaillon M, Dutheil JY. (2020) Genomics of Long- and Short-Term Adaptation in Maize and Teosintes. , 289-311
Aguirre‐Liguori JA, Gaut BS, Jaramillo‐Correa JP, Tenaillon MI, Montes‐Hernández S, García‐Oliva F, Hearne SJ, Eguiarte LE. (2019) Divergence with gene flow is driven by local adaptation to temperature and soil phosphorus concentration in teosinte subspecies (Zea mays parviglumis and Zea mays mexicana ). Mol Ecol, 11 (28) 2814-2830
Cornille A, Antolín F, Garcia E, Vernesi C, Fietta A, Brinkkemper O, Kirleis W, Schlumbaum A, Roldán-Ruiz I. (2019) A Multifaceted Overview of Apple Tree Domestication. Trends in Plant Science, 8 (24) 770 - 782
Courret C, Gérard PR, Ogereau D, Falque M, Moreau L, Montchamp-Moreau C. (2019) X-chromosome meiotic drive in Drosophila simulans: a QTL approach reveals the complex polygenic determinism of Paris drive suppression. Heredity, 6 (122) 906-915
Fustier MA, Martínez-Ainsworth NE, Aguirre-Liguori JA, Venon A, Corti H, Rousselet A, Dumas F, Dittberner H, Camarena MG, Grimanelli D, Ovaskainen O, Falque M, Moreau L, Meaux J, Montes-Hernández S, Eguiarte LE, Vigouroux Y, Manicacci D, Tenaillon MI. (2019) Common gardens in teosintes reveal the establishment of a syndrome of adaptation to altitude. PLOS Genetics, 12 (15) e1008512
Hartmann FE, Rodríguez de la Vega RC, Carpentier F, Gladieux P, Cornille A, Hood ME, Giraud T. (2019) Understanding Adaptation, Coevolution, Host Specialization, and Mating System in Castrating Anther-Smut Fungi by Combining Population and Comparative Genomics. Annu. Rev. Phytopathol., 1 (57) annurev-phyto-082718-095947
Liu S, Cornille A, Decroocq S, Tricon D, Chague A, Eyquard JP, Liu WS, Giraud T, Decroocq V. (2019) The complex evolutionary history of apricots: species divergence, gene flow and multiple domestication events. Mol Ecol, mec.15296
Mabire C, Duarte J, Darracq A, Pirani A, Rimbert H, Madur D, Combes V, Vitte C, Praud S, Rivière N, Joets J, Pichon JP, Nicolas SD. (2019) High throughput genotyping of structural variations in a complex plant genome using an original Affymetrix® axiom® array. BMC Genomics, 1 (20) 848
Martinez Palacios P, Jacquemot MP, Tapie M, Rousselet A, Diop M, Remoué C, Falque M, Lloyd A, Jenczewski E, Lassalle G, Chévre AM, Lelandais C, Crespi M, Brabant P, Joets J, Alix K. (2019) Assessing the Response of Small RNA Populations to Allopolyploidy Using Resynthesized Brassica napus Allotetraploids. Mol Biol Evol, 4 (36) 709-726
Martinez N, 25/10/2019, Characterizing the genomic determinants and phenotypic responses to altitudinal adaptation in teosintes (Zea mays ssp. parviglumis and ssp. mexicana)
Peace CP, Bianco L, Troggio M, van de Weg E, Howard NP, Cornille A, Durel CE, Myles S, Migicovsky Z, Schaffer RJ, Costes E, Fazio G, Yamane H, van Nocker S, Gottschalk C, Costa F, Chagné D, Zhang X, Patocchi A, Gardiner SE, Hardner C, Kumar S, Laurens F, Bucher E, Main D, Jung S, Vanderzande S. (2019) Apple whole genome sequences: recent advances and new prospects. Hortic Res, 1 (6) 59
Ruhsam M, Jessop W, Cornille A, Renny J, Worrell R. (2019) Crop-to-wild introgression in the European wild apple Malus sylvestris in Northern Britain. Forestry (Lond), 1 (92) 85-96
Scarcelli N, Cubry P, Akakpo R, Thuillet AC, Obidiegwu J, Baco MN, Otoo E, Sonké B, Dansi A, Djedatin G, Mariac C, Couderc M, Causse S, Alix K, Chaïr H, François O, Vigouroux Y. (2019) Yam genomics supports West Africa as a major cradle of crop domestication. Sci. Adv., 5 (5) eaaw1947
Volk GM, Cornille A, Korban SS. (2019) Genetic Diversity and Domestication History in Pyrus. , 51-62
Amirchakhmaghi N, Yousefzadeh H, Hosseinpour B, Espahbodi K, Aldaghi M, Cornille A. (2018) First insight into genetic diversity and population structure of the Caucasian wild apple (Malus orientalis Uglitzk.) in the Hyrcanian forest (Iran) and its resistance to apple scab and powdery mildew. Genet Resour Crop Evol, 4 (65) 1255-1268
Besnard G, Terral JF, Cornille A. (2018) On the origins and domestication of the olive: a review and perspectives. Annals of botany, 3 (121) 385-403
Darracq A, Vitte C, Nicolas S, Duarte J, Pichon JP, Mary-Huard T, Chevalier C, Bérard A, Le Paslier MC, Rogowsky P, Charcosset A, Joets J. (2018) Sequence analysis of European maize inbred line F2 provides new insights into molecular and chromosomal characteristics of presence/absence variants. BMC Genomics, 1 (19) 119
Odonkor S, Choi S, Chakraborty D, Martinez-Bello L, Wang X, Bahri BA, Tenaillon MI, Panaud O, Devos KM. (2018) QTL Mapping Combined With Comparative Analyses Identified Candidate Genes for Reduced Shattering in Setaria italica. Front. Plant Sci., (9)
Tenaillon MI, Sedikki K, Mollion M, Guilloux ML, Marchadier E, Ressayre A, Dillmann C. (2018) Transcriptomic response to divergent selection for flowering time in maize reveals convergence and key players of the underlying gene regulatory network. bioRxiv, 461947
Alix K, Gérard PR, Schwarzacher T, Heslop-Harrison JSP. (2017) Polyploidy and interspecific hybridization: partners for adaptation, speciation and evolution in plants. Ann Bot, 2 (120) 183-194
Brandenburg JT, Mary-Huard T, Rigaill G, Hearne SJ, Corti H, Joets J, Vitte C, Charcosset A, Nicolas SD, Tenaillon MI. (2017) Independent introductions and admixtures have contributed to adaptation of European maize and its American counterparts. PLOS Genetics, 3 (13) e1006666
Feurtey A, Cornille A, Shykoff JA, Snirc A, Giraud T. (2017) Crop‐to‐wild gene flow and its fitness consequences for a wild fruit tree: Towards a comprehensive conservation strategy of the wild apple in Europe. Evolutionary Applications, 2 (10) 180-188
Petit E, Silver C, Cornille A, Gladieux P, Rosenthal L, Bruns E, Yee S, Antonovics J, Giraud T, Hood ME. (2017) Co-occurrence and hybridization of anther-smut pathogens specialized on Dianthus hosts. Molecular Ecology, 7 (26) 1877-1890
Cornille A, Salcedo A, Kryvokhyzha D, Glémin S, Holm K, Wright SI, Lascoux M. (2016) Genomic signature of successful colonization of Eurasia by the allopolyploid shepherd's purse (Capsella bursa-pastoris). Molecular Ecology, 2 (25) 616–629
Decroocq S, Cornille A, Tricon D, Babayeva S, Chague A, Eyquard JP, Karychev R, Dolgikh S, Kostritsyna T, Liu S, Liu W, Geng W, Liao K, Asma BM, Akparov Z, Giraud T, Decroocq V. (2016) New insights into the history of domesticated and wild apricots and its contribution to Plum pox virus resistance. Molecular Ecology, 19 (25) 4712–4729
Feurtey A, Gladieux P, Hood ME, Snirc A, Cornille A, Rosenthal L, Giraud T. (2016) Strong phylogeographic co-structure between the anther-smut fungus and its white campion host. New Phytologist, 3 (212) 668-679
Kryvokhyzha D, Holm K, Chen J, Cornille A, Glémin S, Wright S, Lagercrantz U, Lascoux M. (2016) The influence of demographic history on gene expression variation in the ubiquitous weed Capsella bursa-pastoris (Brassicaceae). , 1106-21
Tenaillon MI, Manicacci D, Nicolas SD, Tardieu F, Welcker C. (2016) Testing the link between genome size and growth rate in maize. PeerJ, (4) e2408
Cornille A, Feurtey A, Gélin U, Ropars J, Misvanderbrugge K, Gladieux P, Giraud T. (2015) Anthropogenic and natural drivers of gene flow in a temperate wild fruit tree: a basis for conservation and breeding programs in apples. Evolutionary Applications, n/a-n/a
Leforestier D, Ravon E, Muranty H, Cornille A, Lemaire C, Giraud T, Durel CE, Branca A. (2015) Genomic basis of the differences between cider and dessert apple varieties. Evolutionary Applications, 7 (8) 650-661
Yao JL, Xu J, Cornille A, Tomes S, Karunairetnam S, Luo Z, Bassett H, Whitworth C, Rees-George J, Ranatunga C, Snirc A, Crowhurst R, de Silva N, Kumar S, Chagne D, Bus V, Volz R, Rikkerink E, Gardiner SE, Giraud T, Newcomb R, MacDiarmid R, Gleave AP. (2015) A microRNA allele that emerged prior to apple domestication may underlie fruit size evolution. The Plant Journal, 417-427
Cornille A, Giraud T, Smulders MJM, Roldán-Ruiz I, Gladieux P. (2014) The domestication and evolutionary ecology of apples. Trends in Genetics, 2 (30) 57-65
Schnitzler A, Arnold C, Cornille A, Bachmann O, Schnitzler C. (2014) Wild European Apple (Malus sylvestris (L.) Mill.) Population Dynamics: Insight from Genetics and Ecology in the Rhine Valley. Priorities for a Future Conservation Programme. PLoS ONE, 5 (9) e96596
Yuan JH, Cornille A, Giraud T, Cheng FY, Hu YH. (2014) Independent domestications of cultivated tree peonies from different wild peony species. Molecular Ecology, 1 (23) 82-95
Cornille A, Gladieux P, Giraud T. (2013) Crop-to-wild gene flow and spatial genetic structure in the wild closest relatives of the cultivated apple. Evolutionary Applications, 5 (6) 737-748
Cornille A, Giraud T, Bellard C, Tellier A, Le Cam B, Smulders MJM, Kleinschmit J, Roldan-Ruiz I, Gladieux P. (2013) Post-glacial recolonization history of the European crabapple (Malus sylvestris Mill.), a wild contributor to the domesticated apple. Molecular Ecology, 8 (22) 2249-63
Cornille A, Underhill JG, Cruaud A, Hossaert-McKey M, Johnson SD, Tolley KA, Kjellberg F, van Noort S, Proffit M. (2012) Floral volatiles, pollinator sharing and diversification in the fig–wasp mutualism: insights from Ficus natalensis, and its two wasp pollinators (South Africa). Proceedings of the Royal Society of London B: Biological Sciences, 1734 (279) 1731-1739
Khobragade A, 2012-03-23 23/03/12, Combining linkage analysis and association genetics to finely map loci involved in maize grain production and maturation -- Cartographie fine de locus impliqués dans la production et la maturation du grain chez le maïs par une approche conjointe de linkage et de génétique d’association
Lê Van A, Gladieux P, Lemaire C, Cornille A, Giraud T, Durel CE, Caffier V, Le Cam B. (2012) Evolution of pathogenicity traits in the apple scab fungal pathogen in response to the domestication of its host. Evolutionary Applications, 7 (5) 694-704