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Génétique Quantitative et Évolution - Le Moulon

GEvAD - Génomique Evolutive et Adaptation des plantes Domestiquées

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A partir de la caractérisation des patrons de diversité génomique des plantes domestiquées et de leurs apparentés sauvages: nous étudions l’histoire démographique et sélective de l’émergence et de la diffusion des plantes cultivées; nous analysons la dynamique de leurs génomes; nous caractérisons les bases moléculaires de leurs adaptations et de leurs interactions biotiques; nous explorons les conséquences de l’hybridation interspécifique, à l’origine de nombreuses espèces cultivées allopolyploïdes; nous étudions les flux de gènes entre formes sauvages et domestiques à la fois sous l’angle des introgressions adaptatives, et sous celui de leur isolement reproducteur. Nous employons une approche intégrative alliant outils bioinformatiques et moléculaires, mesures de phénotypes et modélisation statistique. Les enseignants-chercheurs de l’équipe dispensent des enseignements en évolution, génétique des populations et quantitative, génomique végétale, amélioration des plantes, biostatistiques, à AgroParisTech et à l’Université Paris-Saclay.

Méthodologies

Emergence et diffusion des plantes cultivées

Adaptation locale - Comment définir des syndromes adaptatifs ? Quels sont les locus présentant des empreintes de sélection spatialisée ? Ces locus sont-ils associés à de la variation phénotypique, transcriptomique, épigénétique ?
Pangénomique et adaptation - Quels sont les mécanismes moléculaires à l’origine des variants structuraux (éléments transposables, présence-absence de gènes/larges régions génomiques) ? Comment évoluent-ils ? Quel est leur rôle dans l’adaptation ? Quelle est la fonction des gènes “dispensables” ?
Méthylation de l’ADN et réponses adaptatives - Quel est l’impact des contraintes environnementales sur le méthylome ? Quelles voies de régulation sont impliquées ? Comment les perturbations de méthylation de l’ADN se traduisent-elles au niveau du phénotype ?
Réponse adaptative des réseaux de gènes - Quelle est la dynamique de la réponse adaptative dans des petites populations soumises à une sélection artificielle? Comment les réseaux de gènes répondent-ils à cette sélection ? Quel est le lien entre structure des réseaux et réponse phénotypique ?

Impact de la sélection humaine sur les interactions biotiques

Adaptation locale des pathogènes à leurs hôtes ("Projet ATIP Avenir") - Quels sont les facteurs écologiques et les bases génomiques de l’adaptation locale d’un ravageur à son hôte ?
Succès reproducteur des morphes floraux - Comment le dimorphisme floral affecte-t-il les interactions plantes-pollinisateurs, le régime de reproduction, et la valeur sélective des plantes ?

Dialogue entre formes sauvages et cultivées

Conséquences génomiques de l’hybridation interspécifique - Quelles sont les réponses moléculaires à l’allopolyploïdie (activation d’ET, changements d’expression des gènes et petits ARN non codants) ? Quel est l’impact des variations structurales associées à l’allopolyploïdie sur le répertoire des micro ARN ? Peut-on caractériser les relations entre changements structuraux et fonctionnels ?
Introgressions adaptatives entre formes sauvages et cultivées - Comment les introgressions entre les deux formes ont-elles façonné les génomes ? Quelle est l’architecture génomique de ces introgressions? Quelle est l’implication des ET dans la structuration génomique des complexes d’espèces ?
Isolement reproducteur entre formes sauvages et cultivées - Quelle est l’étendue des barrières à la reproduction ? Quels sont les liens entre ces barrières et les niveaux de divergence historique, génomique, phénotypique ? Quels sont leurs déterminants moléculaires ?


GEvAD est rattachée au LabEx SPS, Sciences des Plantes de Saclay.

Membres

  • Karine Alix Professor (AgroParisTech)
  • Kévin Baudry Postdoctoral Fellow (INRAE)
  • Xilong Chen CDD Recherche (CNRS)
  • Amandine Cornille Junior Investigator (CNRS)
  • Hélène Corti (INRAE)
  • Noémie Delprouve (INRAE)
  • Arnaud Desbiez-Piat Doctorant (Université Paris-Saclay), 50% BASE, 50% GEvAD
  • Maud Fagny Postdoctoral Fellow (INRAE)
  • Justine Floret (INRAE)
  • Pierre Gérard Assistant Professor (AgroParisTech)
  • Jehanne Hilairet (INRAE)
  • Johann Joets Ingénieur de Recherche (INRAE)
  • Thomas Kaczmarek (INRAE)
  • Martine Le Guilloux (CNRS)
  • Jeanne Liger (INRAE)
  • Domenica Manicacci (Université Paris-Saclay)
  • Maeva Mollion Postdoctorante (INRAE)
  • Agnès Rousselet (INRAE)
  • Maud Tenaillon Directrice de Recherche (CNRS)
  • Sergio Vasquez Doctorant (INRAE)
  • Anthony Venon Technicien de Recherche (INRAE)
  • Clémentine Vitte Chargée de Recherche (CNRS)

Publications

  • Jabbour F., Pasquier PED., Chazalviel L., Guilloux ML., Condee Silva N., Deveaux Y., Manicacci D. , Galipot P., Heiss AG., Damerval C.. (2020) Evolution of the distribution area of the Mediterranean Nigella damascena and a likely multiple molecular origin of its perianth dimorphism. Flora, 151735
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  • Virlouvet L., Jacquemot MP., Gerentes D., Corti H. , Bouton S., Gilard F., Valot B., Trouverie J., Tcherkez G., Falque M., Damerval C., Rogowsky P., Perez P., Noctor G., Zivy M., Coursol S.. (2011) The ZmASR1 protein influences branched-chain amino acid biosynthesis and maintains kernel yield in maize under water-limited conditions. Plant physiology, 2 (157) 917-36