ACEP - Atelier Cartographie, Expression et Polymorphisme

Fabrice Dumas
Matthieu Falque
Aurélie Lion
Carine Remoué

L’équipe “Atelier Cartographie, Expression, Polymorphisme” (ACEP) est une structure transversale qui intervient en appui aux différentes équipes de l’UMR sur des thématiques de biologie moléculaire, microbiologie, biochimie et cartographie génétique. Elle prend en charge en particulier des analyses de polymorphisme de séquence de l’ADN (marquage moléculaire ou séquençage) et des mesures de niveau d’expression de gènes, ainsi que la construction de cartes génétiques et le développement des méthodes et des outils de cartographie.

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L’équipe ACEP assure une veille technologique pour répondre à l’évolution des besoins de l’UMR en biologie moléculaire et autres analyses de laboratoire. Elle s’occupe de l’acquisition des équipements, de la mise au point des nouveaux protocoles, et coordonne l’utilisation du laboratoire commun de biologie moléculaire où intervient du personnel des différentes équipes de l’UMR. Enfin, l’équipe ACEP accueille régulièrement des étudiants en stage de niveau L3 à M2 et forme du personnel d’autres équipes aux manipulations de biologie moléculaire.

Thèmes d’ACEP

  1. Génotypage et analyse de polymorphisme de séquence de l’ADN
  • Marqueurs microsatellites (SSR) sur gels d’agarose haute-résolution ou polyacrylamide (séquenceurs LiCor).
  • Marqueurs SNP (single-nucleotide polymorphism) par la méthode CAS-PCR (Competitive Allele-Specific PCR) ou sous-traités (méthode KASPar, Illumina Infinium, Affymetrix, ou GBS (Génotypage par Séquençage)).
  • Autres méthodes de génotypage : CAPS (Cleaved Amplified Polymorphic Sequences) ou IDP (Insertion-Deletion Polymorphism) sur séquenceur, AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism), SSAP (Sequence-Specific Amplified Polymorphsim).
  • Analyses de polymorphisme par séquençage “vertical” de séries alléliques dans le cadre de projets de génétique d’association ou d’études de diversité.
  • Etudes d’expression de gènes par RT-PCR quantitative en temps réel
  • Analyse par Quantitative KASP de fréquences d’allèles présents dans des mélanges variétaux de blé

  1. Analyse du niveau d’expression de gènes par RT-PCR quantitative en temps réel et RNA-seq

  2. Cartographie génétique

L’équipe fournit un service de construction de cartes génétiques à partir des données de génotypage de populations en ségrégation et développe des outils moléculaires et des logiciels pour la cartographie génétique.

Membres

Ancien membre

Xavier Raffoux Ingénieur d'Etudes (2003-2024)

Publications

  • Boideau F., Huteau V., Maillet L., Brunet A., Coriton O., Deniot G., Trotoux G., Taburel-Lodé M., Eber F., Gilet M., Baron C., Boutte J., Richard G., Aury JM., Belser C., Labadie K., Morice J., Falentin C., Martin O., Falque M. , Chèvre AM., Rousseau-Gueutin M.. (2024) Alternating between even and odd ploidy levels switches on and off the recombination control, even near the centromeres. The Plant Cell, 10 (36) 4472-4490
  • Falque M. , Bourgais A., Dumas F. , De Carvalho M., Diblasi C.. (2024) MiniRead: A simple and inexpensive do‐it‐yourself device for multiple analyses of micro‐organism growth kinetics. Yeast, yea.3932
  • Chen X., Avia K., Forler A., Remoué C. , Venon A., Rousselet A., Lucas G., Kwarteng AO., Rover R., Le Guilloux M., Belcram H., Combes V., Corti H., Olverà-Vazquez S., Falque M. , Alins G., Kirisits T., Ursu TM., Roman A., Volk GM., Bazot S., Cornille A.. (2023) Ecological and evolutionary drivers of phenotypic and genetic variation in the European crabapple [ Malus sylvestris (L.) Mill.], a wild relative of the cultivated apple. Annals of Botany, 6 (131) 1025-1037
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  • Bina H., Yousefzadeh H., Venon A., Remoué C. , Rousselet A., Falque M. , Faramarzi S., Chen X., Samanchina J., Gill D., Kabaeva A., Giraud T., Hosseinpour B., Abdollahi H., Gabrielyan I., Nersesyan A., Cornille A.. (2022) Evidence of an additional centre of apple domestication in Iran, with contributions from the Caucasian crab apple Malus orientalis Uglitzk. to the cultivated apple gene pool. Molecular Ecology, 21 (31) 5581-5601
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  • Olvera-Vazquez SG., Alhmedi A., Miñarro M., Shykoff JA., Marchadier E., Rousselet A., Remoué C. , Gardet R., Degrave A., Robert P., Chen X., Porchier J., Giraud T., Vander-Mijnsbrugee K., Raffoux X., Falque M. , Alins G., Didelot F., Beliën T., Dapena E., Lemarquand A., Cornille A.. (2021) Experimental test for local adaptation of the rosy apple aphid (Dysaphis plantaginea) to its host (Malus domestica) and to its climate in Europe. PCI Ecology, (Pre-registration version)
  • Olvera-Vazquez SG., Remoué C. , Venon A., Rousselet A., Grandcolas O., Azrine M., Momont L., Galan M., Benoit L., David GM., Alhmedi A., Beliën T., Alins G., Franck P., Haddioui A., Jacobsen SK., Andreev R., Simon S., Sigsgaard L., Guibert E., Tournant L., Gazel F., Mody K., Khachtib Y., Roman A., Ursu TM., Zakharov IA., Belcram H., Harry M., Roth M., Simon JC., Oram S., Ricard JM., Agnello A., Beers EH., Engelman J., Balti I., Salhi-Hannachi A., Zhang H., Tu H., Mottet C., Barrès B., Degrave A., Razmjou J., Giraud T., Falque M. , Dapena E., Miñarro M., Jardillier L., Deschamps P., Jousselin E., Cornille A.. (2021) Large-scale geography survey provides insights into the colonization history of a major aphid pest on its cultivated apple host in Europe, North America and North Africa. Peer Community Journal, (1)
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  • Kreplak J., Madoui MA., Cápal P., Novák P., Labadie K., Aubert G., Bayer PE., Gali KK., Syme RA., Main D., Klein A., Bérard A., Vrbová I., Fournier C., d’Agata L., Belser C., Berrabah W., Toegelová H., Milec Z., Vrána J., Lee HT., Kougbeadjo A., Térézol M., Huneau C., Turo CJ., Mohellibi N., Neumann P., Falque M. , Gallardo K., McGee R., Tar’an B., Bendahmane A., Aury JM., Batley J., Le Paslier MC., Ellis N., Warkentin TD., Coyne CJ., Salse J., Edwards D., Lichtenzveig J., Macas J., Doležel J., Wincker P., Burstin J.. (2019) A reference genome for pea provides insight into legume genome evolution. Nat Genet, 9 (51) 1411-1422
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