Maud FAGNY

Bases moléculaires de l’adaptation du maïs à des combinaisons de contraintes environnementales

     
  • Computational biology
  • System Biology
  • Gene networks
  • Population genomics
  • Épigénétique/Épigénomique
  • Transcriptomique
  • Génomique Humaine
  • Génomique du maïs
  • Éléments transposables

 INRAE, Chargée de recherche

 maud.fagny@inrae.fr —   01 69 33 23 51


 Génomique Evolutive et Adaptation des plantes Domestiquées

Implication de Maud Fagny dans axe1 70% axe1 Comprendre et éclairer les mécanismes de l'évolution Axe1 Implication de Maud Fagny dans axe2 30% axe2 Comprendre et prédire les bases génétiques des interactions Axe2 Implication de Maud Fagny dans axe3 0% axe3 Comprendre et mobiliser la diversitée cultivée pour répondre aux attentes des acteurs Axe3
 Publications    

  • Génétique Quantitative et Évolution - Le Moulon
  • Université Paris-Saclay, INRAE, CNRS, AgroParisTech
  • IDEEV
  • 12 route 128
  • 91190 Gif-sur-Yvette
Maud FAGNY

Emplois et éducation

  • 2021-07-01 to present : Chargée de Recherche, GQE-Le Moulon, INRAE, Gif-sur-Yvette, France
  • 2020-04-01 to 2021-06-30 : Postdoctorante, MNHN, Éco-anthropologie, CNRS, Paris, France - bourse Marie Sklodowska-Curie (IF) “PATTERNS”
  • 2019-01-01 to 2020-03-31 : Postdoctorante, GQE-Le Moulon, INRAE, Gif-sur-Yvette, France
  • 2018-01-09 to 2018-10-31 : Postdoctorante, LEE, CNRGH, Evry, France
  • 2015-11-09 to 2017-12-31: Postdoctorante, Quackenbush lab, Harvard T.H. Chan School of Public Health, Boston, MA, États-Unis
  • 2012-09-01 to 2015-08-31: PhD student, Génétique évolutive humaine, Institut Pasteur, Paris, France
  • 2009-09-01 to 2012-06-30: Élève à l’École Normale Supérieure de Lyon, Lyon, France

Sujets de recherche

Je m’intéresse à la régulation de l’expression des gènes déterminants les phénotypes complexes, et à leur adaptation à l’environnement. Pour plus d’information sur mes recherches et des liens vers mes publications, merci de visiter mon site web.

Collaborations en cours

  • Internationales: John Quackenbush (Harvard T.H. Chan School of Public Health, Boston, MA, États-Unis); Kimberly Glass (Channing Division of Network Medicine, Brigham and Women’s Hospital, Harvard Medical School, Boston, MA, États-Unis); Megha Padi (University of Arizona, Tucson, AZ, États-Unis); Marieke Kuijjer, NCMM, Oslo, Norvège; Maike Stam (University of Amsterdam, Amsterdam, Pays-Bas); Shujun Ou (Iowa State University, Ames, IA, États-Unis).

  • Nationales: Frédéric Austerlitz et Raphaëlle Chaix de l’équipe Éco-anthropologie, Musée de l’Homme, Paris, France; Guillaume Laval, Etienne Patin et Lluis Quintana-Murci de l’équipe Génétique évolutive humaine, Institut Pasteur, Paris, France; Hadi Quesneville de l’URGI, INRA, Versailles, France.

  • Locales: Clémentine Vitte, Maud Tenaillon, Amandine Cornille, Maéva Mollion et Johann Joets de GEvAD; Mélisande Blein-Nicolas et Élodie Marchadier de BASE; Stéphane Nicolas, Laurence Moreau et Alain Charcosset de GQMS .

Financements

Mon travail est actuellement financé par l’ANR JCJC NETWITS. Mon doctorat a été financé par un contrat doctoral fléché normalien de École Normale Supérieure de Lyon. En 2019, J’ai reçu une bourse Marie Słodowska Curie Individual Fellowship. Mon projet, PATTERNS, vise à étudier la sélection polygénique ciblant les régions régulatrices du génome. Il sera réalisé en collaboration avec Frédéric Austerlitz (Musée de l’Homme, Paris).

Liens utiles

Mon profil ORCID.

Mon profil Google Scholar avec des statistiques détaillées sur mes publications se trouve ici.

Publications

  • Stone K., Platig J., Quackenbush J., Fagny M. . (2024) Complex Traits Heritability is Highly Clustered in the eQTL Bipartite Network. Systems Biology,
  • Ben Guebila M., Weighill D., Lopes-Ramos CM., Burkholz R., Pop RT., Palepu K., Shapoval M., Fagny M. , Schlauch D., Glass K., Altenbuchinger M., Kuijjer ML., Platig J., Quackenbush J.. (2022) An online notebook resource for reproducible inference, analysis and publication of gene regulatory networks. Nat Methods, 5 (19) 511-513
  • Fagny M. , Glass K., Kuijjer ML.. (2022) Editorial: Applications and Methods in Genomic Networks. Front. Genet., (13) 936015
  • Gaynor SM., Fagny M. , Lin X., Platig J., Quackenbush J.. (2022) Connectivity in eQTL networks dictates reproducibility and genomic properties. Cell Reports Methods, 5 (2) 100218
  • Fagny M. , Kuijjer ML., Stam M., Joets J., Turc O., Rozière J., Pateyron S., Venon A., Vitte C.. (2021) Identification of Key Tissue-Specific, Biological Processes by Integrating Enhancer Information in Maize Gene Regulatory Networks. Frontiers in Genetics, (11) 1703
  • Fagny M. , Austerlitz F.. (2021) Polygenic Adaptation: Integrating Population Genetics and Gene Regulatory Networks. Trends in Genetics, 7 (37) 631-638
  • Chaix R., Fagny M. , Cosin-Tomás M., Alvarez-López M., Lemee L., Regnault B., Davidson RJ., Lutz A., Kaliman P.. (2020) Differential DNA methylation in experienced meditators after an intensive day of mindfulness-based practice: Implications for immune-related pathways. Brain, Behavior, and Immunity, (84) 36-44
  • Fagny M. , Platig J., Kuijjer ML., Lin X., Quackenbush J.. (2020) Nongenic cancer-risk SNPs affect oncogenes, tumour-suppressor genes, and immune function. Br J Cancer, 4 (122) 569-577
  • Lopes-Ramos CM., Chen CY., Kuijjer ML., Paulson JN., Sonawane AR., Fagny M. , Platig J., Glass K., Quackenbush J., DeMeo DL.. (2020) Sex Differences in Gene Expression and Regulatory Networks across 29 Human Tissues. Cell Reports, 12 (31) 107795
  • Barry JD., Fagny M. , Paulson JN., Aerts HJWL., Platig J., Quackenbush J.. (2018) Histopathological Image QTL Discovery of Immune Infiltration Variants. iScience, (5) 80-89
  • Weber A., Schwarz SC., Tost J., Trümbach D., Winter P., Busato F., Tacik P., Windhorst AC., Fagny M. , Arzberger T., McLean C., van Swieten JC., Schwarz J., Vogt Weisenhorn D., Wurst W., Adhikary T., Dickson DW., Höglinger GU., Müller U.. (2018) Epigenome-wide DNA methylation profiling in Progressive Supranuclear Palsy reveals major changes at DLX1. Nature Communications, 1 (9)
  • Chaix R., Alvarez-López MJ., Fagny M. , Lemee L., Regnault B., Davidson RJ., Lutz A., Kaliman P.. (2017) Epigenetic clock analysis in long-term meditators. Psychoneuroendocrinology, (85) 210-214
  • Fagny M. , Paulson JN., Kuijjer ML., Sonawane AR., Chen CY., Lopes-Ramos CM., Glass K., Quackenbush J., Platig J.. (2017) Exploring regulation in tissues with eQTL networks. PNAS, 37 (114) E7841-E7850
  • Gopalan S., Carja O., Fagny M. , Patin E., Myrick JW., McEwen LM., Mah SM., Kobor MS., Froment A., Feldman MW., Quintana-Murci L., Henn BM.. (2017) Trends in DNA Methylation with Age Replicate Across Diverse Human Populations. Genetics,
  • Lopes-Ramos CM., Paulson JN., Chen CY., Kuijjer ML., Fagny M. , Platig J., Sonawane AR., DeMeo DL., Quackenbush J., Glass K.. (2017) Regulatory network changes between cell lines and their tissues of origin. BMC Genomics, 1 (18) 723
  • Paulson JN., Chen CY., Lopes-Ramos CM., Kuijjer ML., Platig J., Sonawane AR., Fagny M. , Glass K., Quackenbush J.. (2017) Tissue-aware RNA-Seq processing and normalization for heterogeneous and sparse data. BMC Bioinformatics, 1 (18)
  • Sonawane AR., Platig J., Fagny M. , Chen CY., Paulson JN., Lopes-Ramos CM., DeMeo DL., Quackenbush J., Glass K., Kuijjer ML.. (2017) Understanding Tissue-Specific Gene Regulation. Cell Reports, 4 (21) 1077-1088
  • Deschamps M., Laval G., Fagny M. , Itan Y., Abel L., Casanova JL., Patin E., Quintana-Murci L.. (2016) Genomic Signatures of Selective Pressures and Introgression from Archaic Hominins at Human Innate Immunity Genes. Am. J. Hum. Genet., 1 (98) 5-21
  • Horvath S., Gurven M., Levine ME., Trumble BC., Kaplan H., Allayee H., Ritz BR., Chen B., Lu AT., Rickabaugh TM., Jamieson BD., Sun D., Li S., Chen W., Quintana-Murci L., Fagny M. , Kobor MS., Tsao PS., Reiner AP., Edlefsen KL., Absher D., Assimes TL.. (2016) An epigenetic clock analysis of race/ethnicity, sex, and coronary heart disease. Genome Biology, 1 (17)
  • Fagny M. , Patin E., MacIsaac JL., Rotival M., Flutre T., Jones MJ., Siddle KJ., Quach H., Harmant C., McEwen LM., Froment A., Heyer E., Gessain A., Betsem E., Mouguiama-Daouda P., Hombert JM., Perry GH., Barreiro LB., Kobor MS., Quintana-Murci L.. (2015) The epigenomic landscape of African rainforest hunter-gatherers and farmers. Nature Communications, (6)
  • Fagny M. , Patin E., Enard D., Barreiro LB., Quintana-Murci L., Laval G.. (2014) Exploring the occurrence of classic selective sweeps in humans using whole-genome sequencing data sets. Mol. Biol. Evol., 7 (31) 1850-1868