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Génétique Quantitative et Évolution - Le Moulon

DEAP - Diversité, Evolution et Adaptation des Populations

Nos recherches visent à gérer et valoriser la diversité cultivée pour la transition agroécologique. Elles s'appuient sur trois méthodologies : (i) la modélisation et simulation mécaniste, (ii) la modélisation statistique pour l‘inférence et la prédiction, et (iii) la conception et l'expérimentation participative. Notre espèce modèle est le blé tendre.

illustration des travaux de DEAP

Axe 1. Optimisation de la diversité génétique intra-parcelle

  • modélisation couplée écophysiologie-génétique d‘un peuplement hétérogène :
    • développement d‘un modèle de compétition pour la lumière : WALTer (Lecarpentier et al., 2019)
    • impact des interactions plante-plante sur l‘évolution des mélanges : thèse E. Blanc
  • méthodologie de la sélection des associations variétales et d‘espèces :
    • développement d‘un modèle pour la génétique de l‘aptitude au mélange : GMA/SMA (Forst et al., 2019), lme4mix
    • développement de nouveaux dispositifs de sélection pour l‘aptitude au mélange
  • conception participative de mélanges variétaux :
    • assemblage de variétés pour s‘adapter au contexte local
    • mieux intégrer les interactions GxExP en agriculture bio
    • développement d‘un outil d‘évaluation multi-critère : Optimix

Projets : MoBiDiv, Wheatamix, PICRI, LIVESEED, CASABio, ReMIX

Collaborateurs académiques principaux : T. Mary-Huard, P. Barbillon, A. Gauffreteau, V. Allard, B. Haug

Partenaires non académiques : ITAB, GAB Ile-de-France, Chambres d‘Agriculture, TERRENA, FiBL, ARVALIS

Axe 2. Gestion en réseau – Sélection participative décentralisée – Diversité paysagère

  • modélisation de réseaux de gestion et sélection à la ferme :
    • développement d‘un logiciel de simulation de métapopulations cultivées : CropMetapop
    • modélisation de l‘évolution de populations dans un réseau d‘échanges de semences
  • méthodologie de sélection et d‘évaluation participative à la ferme :
    • optimisation de l‘évaluation décentralisée des populations à la ferme (Van Frank et al., 2019), PPBstats
    • caractérisation des pressions de sélection naturelle et humaine
    • évaluation de schémas de sélection de mélanges de populations
  • déploiement variétal à l'échelle du paysage :
    • évolution de la diversité génétique à l'échelle départementale
    • déploiement des résistances à l‘échelle européenne et durabilité

Projets : MoBiDiv, Diversifood, Solibam, UGeBio, RustWatch

Collaborateurs académiques principaux : M. Thomas, P. Barbillon, E. Berthet, O. David, Y. De Oliveira, M. Hovmoller

Partenaires non académiques : RSP, RSR

Voir aussi

L'Inra a publié un dossier sur la “Sélection classique ou participative, plusieurs stratégies pour les blés bios", à consulter sur le site de l'institut, où l'on trouvera cités les travaux de l'équipe DEAP.

Dans la presse:


DEAP est rattachée au LabEx BASC, Biodiversité, Agroécosystèmes, Société, Climat.

Membres

  • Emmanuelle Blanc Doctorante (INRAE)
  • Florence Dubs Postdoctorante (INRAE)
  • Jérôme Enjalbert Directeur de Recherche (INRAE)
  • Timothée Flutre Chargé de recherche (INRAE)
  • Meije Gawinowski Doctorante (INRAE)
  • Isabelle Goldringer Directrice de Recherche (INRAE)
  • Benedikt Haug Doctorant (FiBL)
  • Roma Hooge CDD ingénieur d'étude (INRAE)
  • Baptiste Rouger Doctorant (INRAE)
  • Adrien Speck Doctorant (Terre de Lin)
  • Gaël Vieceli CDD Assistant ingénieur (INRAE)

Anciens membres

Gaëlle Van Frank Doctorante et postdoctorante (2015-2020), Emma Forst Doctorante et postdoctorante (2014-2020), Audrey Postec Assistante ingénieur (2019), Abdel Kader Naino Jika Postdoctorant (2017-2019), Samuel Joseph Technicien (2018), Christophe Lecarpentier Doctorant et postdoctorant (2012-2018), Julie Borg Ingénieure (2014-2018), Alexandre Duclouet Technicien (2017), Sophie Pin Technicienne (2009-2017), Nathalie Galic Technicienne (2009-2017), Rémi Perronne Postdoctorant (2015-2017), Pauline Lhote Assistante ingénieur (2014-2016), Pierre Rivière Doctorant (2010-2014), Stéphanie Thépot Doctorante (2010-2014), Abdul Rehman Kahn Doctorant (2009-2013), Mathieu Thomas Doctorant (2008-2011), Yves Rousselle Doctorant (2006-2010), Julie Dawson Postdoctorante (2008-2010), Bénédicte Rhoné Doctorante (2004-2008), Anne-Laure Raquin Doctorante (2001-2005)

Publications

Mazé A, Calabuig Domenech A, Goldringer I. (2021) Restoring cultivated agrobiodiversity: The political ecology of knowledge networks between local peasant seed groups in France. Ecological Economics, (179) 106821
David O, van Frank G, Goldringer I, Rivière P, Turbet Delof M. (2020) Bayesian inference of natural selection from spatiotemporal phenotypic data. Theoretical Population Biology, (131) 00-109
De Oliveira Y, Burlot L, Dawson JC, Goldringer I, Madi D, Rivière P, Steinbach D, van Frank G, Thomas M. (2020) SHiNeMaS: a web tool dedicated to seed lots history, phenotyping and cultural practices. Plant Methods, 1 (16) 98
Goldringer I, van Frank G, Bouvier d’Yvoire C, Forst E, Galic N, Garnault M, Locqueville J, Pin S, Bailly J, Baltassat R, Berthellot JF, Caizergues F, Dalmasso C, de Kochko P, Gascuel JS, Hyacinthe A, Lacanette J, Mercier F, Montaz H, Ronot B, Rivière P. (2020) Agronomic Evaluation of Bread Wheat Varieties from Participatory Breeding: A Combination of Performance and Robustness. Sustainability, 1 (12) 128
Mazé A, Calabuig Domenech A, Goldringer I. (2020) Commoning the seeds: alternative models of collective action and open innovation within French peasant seed groups for recreating local knowledge commons. Agric Hum Values,
van Frank G, Rivière P, Pin S, Baltassat R, Berthellot JF, Caizergues F, Dalmasso C, Gascuel JS, Hyacinthe A, Mercier F, Montaz H, Ronot B, Goldringer I. (2020) Genetic Diversity and Stability of Performance of Wheat Population Varieties Developed by Participatory Breeding. Sustainability, 1 (12) 384
Flutre T, Diot J, David J. (2019) PlantBreedGame: A Serious Game that Puts Students in the Breeder’s Seat. Crop Science, 0 (52) 1-2
Forst E, Enjalbert J, Allard V, Ambroise C, Krissaane I, Mary-Huard T, Robin S, Goldringer I. (2019) A generalized statistical framework to assess mixing ability from incomplete mixing designs using binary or higher order variety mixtures and application to wheat. Field Crops Research, (242) 107571
Lecarpentier C, Barillot R, Blanc E, Abichou M, Goldringer I, Barbillon P, Enjalbert J, Andrieu B. (2019) WALTer: a three-dimensional wheat model to study competition for light through the prediction of tillering dynamics. Ann Bot, 6 (123) 961-975
van Frank G, Goldringer I, Rivière P, David O. (2019) Influence of experimental design on decentralized, on-farm evaluation of populations: a simulation study. Euphytica, 7 (215) 126
Borg J, Kiær LP, Lecarpentier C, Goldringer I, Gauffreteau A, Saint-Jean S, Barot S, Enjalbert J. (2018) Unfolding the potential of wheat cultivar mixtures: A meta-analysis perspective and identification of knowledge gaps. Field Crops Res, (221) 298-313
Forst E, 2018-03-29 29/03/18, Développement de méthodes d'estimation de l'aptitude au mélange pour la prédiction des performances et la sélection de mélanges variétaux chez le blé tendre, et co-conception d'idéotypes de mélanges adaptés à l'agriculture biologique
Perronne R, Goldringer I. (2018) Application of a partitioning procedure based on Rao quadratic entropy index to characterize the temporal evolution of in situ varietal and genetic diversity of bread wheat in France over the period 1981–2006. Theor Appl Genet, 4 (131) 775-786
Van Frank G, 2018-06-12 06/12/18, Gestion participative de la diversité cultivée et création de mélanges diversifiés de blé tendre à la ferme
Barot S, Allard V, Cantarel A, Enjalbert J, Gauffreteau A, Goldringer I, Lata JC, Le Roux X, Niboyet A, Porcher E. (2017) Designing mixtures of varieties for multifunctional agriculture with the help of ecology. A review. Agron. Sustain. Dev., 2 (37) 13
Demeulenaere Élise, Goldringer I. (2017) Semences et transition agroécologique : initiatives paysannes et sélection participative comme innovations de rupture. Nat. Sci. Soc., (25) S55-S59
Demeulenaere Élise, Rivière P, Hyacinthe A, Baltassat R, Baltazar S, Gascuel JS, Lacanette J, Montaz H, Pin S, Ranke O, Serpolay-Besson E, Thomas M, Frank GV, Vanoverschelde M, Vindras-Fouillet C, Goldringer I. (2017) La sélection participative à l’épreuve du changement d’échelle. À propos d’une collaboration entre paysans sélectionneurs et généticiens de terrain. Nat. Sci. Soc., 4 (25) 336-346
Lecarpentier C, 2017-01-25 25/01/17, Valorisation de la diversité intra-parcelle dans un contexte de changement climatique. Développement d'un modèle couplant écophysiologie 3D et génétique évolutive.
Perronne R, Makowski D, Goffaux R, Montalent P, Goldringer I. (2017) Temporal evolution of varietal, spatial and genetic diversity of bread wheat between 1980 and 2006 strongly depends upon agricultural regions in France. Agriculture, Ecosystems & Environment, (236) 12-20
Perronne R, Diguet S, Vallavieille-Pope C, Leconte M, Enjalbert J. (2017) A framework to characterize the commercial life cycle of crop varieties: Application to the case study of the influence of yellow rust epidemics on French bread wheat varieties. Field Crops Research, (209) 159-167
Enjalbert J, Allard V, Andrieu B, Barot S, Borg J, Cantarel A, Feret M, Cervek C, Coleno FC, Pope De Vallavieille C, Descoureaux D, Dubs F, Galic N, Gauffreteau A, Gilet JD, Goldringer I, Hannachi M, Houivet G, Pin S, Jeuffroy MH, Kerbiriou C, Labarthe P, LATA JC, LeCarpentier C, Lejars L, Lemain B, Lemarié S, Leny F, Le Roux X, Le Viol I, Montagnier C, NIBOYET A, Omon B, Piaud S, Poly F, Pommier T, Porcher E, Saint-Jean S, Salmon S, Tropée D, Vidal T. (2016) Increasing species richness and genetic diversity in agriculture: results of the Wheatamix project. , 40 p.
Labeyrie V, Thomas M, Muthamia ZK, Leclerc C. (2016) Seed exchange networks, ethnicity, and sorghum diversity. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 1 (113) 98-103
Perronne R, Hannachi M, Lemarié S, Fugeray-Scarbel A, Goldringer I. (2016) L’évolution de la filière blé tendre en France entre 1980 et 2006: quelle influence sur la diversité cultivée ?. Notes et Etudes Socio-Economiques (NESE), (41) 83-113
Thomas M, Caillon S. (2016) Effects of farmer social status and plant biocultural value on seed circulation networks in Vanuatu. Ecol Soc, 2 (21) 13
Barbillon P, Thomas M, Goldringer I, Hospital F, Robin S. (2015) Network impact on persistence in a finite population dynamic diffusion model: application to an emergent seed exchange network. J. Theor. Biol., (365) 365-376
Rivière P, Goldringer I, Berthellot JF, Galic N, Pin S, Kochko PD, Dawson JC. (2015) Response to farmer mass selection in early generation progeny of bread wheat landrace crosses. Renewable Agriculture and Food Systems, 2 (30) 190-201
Rivière P, Dawson JC, Goldringer I, David O. (2015) Hierarchical Bayesian Modeling for Flexible Experiments in Decentralized Participatory Plant Breeding. Crop Science, 3 (55) 1053-1067
Thomas M, Verzelen N, Barbillon P, Coomes OT, Caillon S, McKey D, Elias M, Garine E, Raimond C, Dounias E, Jarvis D, Wencélius J, Leclerc C, Labeyrie V, Cuong PH, Hue Ngoc NT, Sthapit B, Rana RB, Barnaud A, Violon C, Arias RE, Latournerie Moreno L, De Santis P, Massol F, Woodward G, Bohan DA. (2015) A Network-Based Method to Detect Patterns of Local Crop Biodiversity: Validation at the Species and Infra-Species Levels. , (53) 259–320
Thomas M, Thépot S, Galic N, Jouanne‐Pin S, Remoué C, Goldringer I. (2015) Diversifying mechanisms in the on-farm evolution of crop mixtures. Molecular Ecology, 12 (24) 2937-2954
Thépot S, Restoux G, Goldringer I, Hospital F, Gouache D, Mackay I, Enjalbert J. (2015) Efficiently Tracking Selection in a Multiparental Population: The Case of Earliness in Wheat. Genetics, 2 (199) 609-623
Thépot S, Restoux G, Hospital F, Gouache D, Mackay I, Goldringer I, Enjalbert J, Ogihara Y, Takumi S, Handa H. (2015) Interest of a Multiparental and Outcrossing Wheat Population for Fine Mapping. , 331-8
Mboup M, Bahri B, Leconte M, De Vallavieille-Pope C, Kaltz O, Enjalbert J. (2012) Genetic structure and local adaptation of European wheat yellow rust populations: the role of temperature-specific adaptation. Evol. Appl., 4 (5) 341-352
Rousset M, Bonnin I, Remoue C, Falque M, Rhone B, Veyrieras JB, Madur D, Murigneux A, Balfourier F, Le Gouis J, Santoni S, Goldringer I. (2011) Deciphering the genetics of flowering time by an association study on candidate genes in bread wheat (Triticum aestivum L.). TAG. Theoretical and applied genetics. Theoretische und angewandte Genetik, 6 (123) 907-26