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Génétique Quantitative et Évolution - Le Moulon

Maud FAGNY

Maud FAGNY

Postdoctoral Fellow, INRAE

Rôle des éléments transposables dans la régulation tissu-spécifique de l'expression des gènes par les enhancers

  • Computational biology,
  • System Biology,
  • Gene networks,
  • Population genomics,
  • Épigénétique/Épigénomique,
  • Transcriptomique,
  • Génomique Humaine,
  • Génomique du maïs,
  • Éléments transposables

maud.fagny@inrae.fr

01 69 33 23 51

orcid.org/0000-0002-7740-2521

Publications

  • Génétique Quantitative et Évolution - Le Moulon
  • Université Paris-Saclay, INRAE, CNRS, AgroParisTech
  • Ferme du Moulon
  • F-91190 Gif-sur-Yvette

Emplois et éducation

  • 2019-01-01 to present: Postdoctorante, GQE-Le Moulon, INRA, Gif-sur-Yvette, France
  • 2018-01-09 to 2018-10-31 : Postdoctorante, LEE, CNRGH, Evry, France
  • 2015-11-09 to 2017-12-31: Postdoctorante, Quackenbush lab, Harvard T.H. Chan School of Public Health, Boston, MA, États-Unis
  • 2012-09-01 to 2015-08-31: PhD student, Génétique évolutive humaine, Institut Pasteur, Paris, France
  • 2009-09-01 to 2012-06-30: Élève à l'École Normale Supérieure de Lyon, Lyon, France

Sujets de recherche

Je m'intéresse à la régulation de l'expression des phénotypes complexes, et à leur adaptation à l'environnement.

Mon principal projet consiste à étudier le rôle des éléments transposables dans la régulation tissu-spécifique de l'expression des gènes par les enhancers chez le maïs. L'objectif est de comprendre comment les éléments transposables insérés à proximité plus ou moins grande des gènes ont participé à l'établissement de réseaux de régulation de l'expression des gènes de manière tissu-spécifique. Pour cela, j'utilise le modèle maïs, et je combine différentes approches issues de la biologie des systèmes, de la génomique comparative, et de la bioinformatique.

En parallèle, je m'intéresse à l'impact de la variation du contenu intergénique en éléments transposable sur la régulation de l'expression des gènes. Pour cela, j'analyse des données génomiques et transcriptomiques issues de 13 tissus et de 8 lignées Europénnes et Américaines de maïs. Ma recherche s'insère dans le programme d'investissement d'avenir Amaizing.

J'ai réalisé mon doctorat en génomique et épigénomique des populations. J'ai notamment étudié l'impact global de l'environnement sur la diversité génétique et épigénétique des populations humaines. Je me suis d'abord intéressée au rôle d'un type particulier de sélection, le balayage sélectif, sur la diversité génétique humaine. J'ai ensuite étudié le poids respectif de la génétique et de l'environnement sur les variations inter-populations du niveau de méthylation de l'ADN.

Pendant mes postdocs, je me suis intéressée à la régulation de l'expression des phénotypes complexes, en utilisant des approches de biologie des systèmes basées sur la représentation des relations de régulations entra diffreents acteurs sous forme de réseaux bipartis. J'ai notamment caractérisé les fonctions régulatrices des mutations germinales de susceptibilité aux cancers.

Collaborations en cours

  • Internationales: John Quackenbush (Harvard T.H. Chan School of Public Health, Boston, MA, États-Unis); Kimberly Glass (Channing Division of Network Medicine, Brigham and Women's Hospital, Harvard Medical School, Boston, MA, États-Unis); Megha Padi (University of Arizona, Tucson, AZ, États-Unis); Marieke Kuijjer, NCMM, Oslo, Norvège; Maike Stam (University of Amsterdam, Amsterdam, Pays-Bas); Shujun Ou (Iowa State University, Ames, IA, États-Unis).

  • Nationales: Frédéric Austerlitz et Raphaëlle Chaix de l'équipe Éco-anthropologie, Musée de l'Homme, Paris, France; Guillaume Laval, Etienne Patin et Lluis Quintana-Murci de l'équipe Génétique évolutive humaine, Institut Pasteur, Paris, France; Hadi Quesneville de l’URGI, INRA, Versailles, France.

  • Locales: Clémentine Vitte, Maud Tenaillon, Amandine Cornille, Maéva Mollion et Johann Joets de GEvAD; Mélisande Blein-Nicolas et Élodie Marchadier de BASE; Stéphane Nicolas, Laurence Moreau et Alain Charcosset de GQMS .

Financements

Mon doctorat a été financé par un contrat doctoral fléché normalien de École Normale Supérieure de Lyon. En 2019, J'ai reçu une bourse Marie Słodowska Curie Individual Fellowship. Mon projet, PATTERNS, vise à étudier la sélection polygénique ciblant les régions régulatrices du génome. Il sera réalisé en collaboration avec Frédéric Austerlitz (Musée de l'Homme, Paris).

Liens utiles

Pour plus d'information sur mes recherches et des liens vers mes publications, merci de visiter mon site web.

Mon profil ORCID.

Mon profil Google Scholar avec des statistiques détaillées sur mes publications se trouve ici.

Publications

Chaix R, Fagny M, Cosin-Tomás M, Alvarez-López M, Lemee L, Regnault B, Davidson RJ, Lutz A, Kaliman P. (2020) Differential DNA methylation in experienced meditators after an intensive day of mindfulness-based practice: Implications for immune-related pathways. Brain, Behavior, and Immunity, (84) 36-44
Fagny M, Platig J, Kuijjer ML, Lin X, Quackenbush J. (2020) Nongenic cancer-risk SNPs affect oncogenes, tumour-suppressor genes, and immune function. Br J Cancer, 4 (122) 569-577
Barry JD, Fagny M, Paulson JN, Aerts HJWL, Platig J, Quackenbush J. (2018) Histopathological Image QTL Discovery of Immune Infiltration Variants. iScience, (5) 80-89
Weber A, Schwarz SC, Tost J, Trümbach D, Winter P, Busato F, Tacik P, Windhorst AC, Fagny M, Arzberger T, McLean C, van Swieten JC, Schwarz J, Vogt Weisenhorn D, Wurst W, Adhikary T, Dickson DW, Höglinger GU, Müller U. (2018) Epigenome-wide DNA methylation profiling in Progressive Supranuclear Palsy reveals major changes at DLX1. Nature Communications, 1 (9)
Chaix R, Alvarez-López MJ, Fagny M, Lemee L, Regnault B, Davidson RJ, Lutz A, Kaliman P. (2017) Epigenetic clock analysis in long-term meditators. Psychoneuroendocrinology, (85) 210-214
Fagny M, Paulson JN, Kuijjer ML, Sonawane AR, Chen CY, Lopes-Ramos CM, Glass K, Quackenbush J, Platig J. (2017) Exploring regulation in tissues with eQTL networks. PNAS, 37 (114) E7841-E7850
Gopalan S, Carja O, Fagny M, Patin E, Myrick JW, McEwen LM, Mah SM, Kobor MS, Froment A, Feldman MW, Quintana-Murci L, Henn BM. (2017) Trends in DNA Methylation with Age Replicate Across Diverse Human Populations. Genetics,
Lopes-Ramos CM, Paulson JN, Chen CY, Kuijjer ML, Fagny M, Platig J, Sonawane AR, DeMeo DL, Quackenbush J, Glass K. (2017) Regulatory network changes between cell lines and their tissues of origin. BMC Genomics, 1 (18) 723
Paulson JN, Chen CY, Lopes-Ramos CM, Kuijjer ML, Platig J, Sonawane AR, Fagny M, Glass K, Quackenbush J. (2017) Tissue-aware RNA-Seq processing and normalization for heterogeneous and sparse data. BMC Bioinformatics, 1 (18)
Sonawane AR, Platig J, Fagny M, Chen CY, Paulson JN, Lopes-Ramos CM, DeMeo DL, Quackenbush J, Glass K, Kuijjer ML. (2017) Understanding Tissue-Specific Gene Regulation. Cell Reports, 4 (21) 1077-1088
Deschamps M, Laval G, Fagny M, Itan Y, Abel L, Casanova JL, Patin E, Quintana-Murci L. (2016) Genomic Signatures of Selective Pressures and Introgression from Archaic Hominins at Human Innate Immunity Genes. Am. J. Hum. Genet., 1 (98) 5-21
Horvath S, Gurven M, Levine ME, Trumble BC, Kaplan H, Allayee H, Ritz BR, Chen B, Lu AT, Rickabaugh TM, Jamieson BD, Sun D, Li S, Chen W, Quintana-Murci L, Fagny M, Kobor MS, Tsao PS, Reiner AP, Edlefsen KL, Absher D, Assimes TL. (2016) An epigenetic clock analysis of race/ethnicity, sex, and coronary heart disease. Genome Biology, 1 (17)
Fagny M, Patin E, MacIsaac JL, Rotival M, Flutre T, Jones MJ, Siddle KJ, Quach H, Harmant C, McEwen LM, Froment A, Heyer E, Gessain A, Betsem E, Mouguiama-Daouda P, Hombert JM, Perry GH, Barreiro LB, Kobor MS, Quintana-Murci L. (2015) The epigenomic landscape of African rainforest hunter-gatherers and farmers. Nature Communications, (6)
Fagny M, Patin E, Enard D, Barreiro LB, Quintana-Murci L, Laval G. (2014) Exploring the occurrence of classic selective sweeps in humans using whole-genome sequencing data sets. Mol. Biol. Evol., 7 (31) 1850-1868