BiOSS - Bioinformatique, Science Ouverte et Systèmes
Missions
L’équipe BiOSS assure plusieurs missions à l’échelle de l’UMR :
- La mise au point et l’exploitation des systèmes informatiques, notamment : postes utilisateurs, téléphonie, moyens de calculs, stockage, sauvegarde et archivage.
- Le développement, le déploiement et la distribution d’outils d’analyses et de bases de données utiles aux scientifiques.
- Un soutien aux projets de développement réalisés par les équipes de recherche de l’unité.
- La formation des scientifiques (de l’UMR et leurs partenaires) sur les outils qu’elle développe.
Pôle système
Adrien Falce, Benoit Johannet, Olivier Langella
BiOSS assure la mise au point et l’exploitation des systèmes informatiques de l’ensemble de l’UMR, avec notamment un parc informatique d’environ 200 postes (60% Windows, 45% Linux, 5% Macintosh) et une salle informatique de 30m2 comprenant une quarantaine de serveurs. L’équipe favorise la mutualisation et des choix technologiques communs. BiOSS offre ses compétences et son savoir faire pour proposer des solutions techniques efficaces, maîtriser et valoriser les données scientifiques produites par les équipes de GQE-Le Moulon (NGS, protéomique…)
Pôle logiciel et données
Mathieu Brisson, Franck Gauthier, Pierre Montalent, Yannick De Oliveira
BiOSS développe plusieurs outils de gestion des données (Thaliadb, SHiNeMaS et DiverCILand) et d’analyses (BioMercator et OptimaRs) qui sont les composants d’un système d’information global dédié à la sélection chez les plantes. Plusieurs instances sont hébergées sur les serveurs de l’UMR et maintenus par l’équipe. BiOSS a également pour objectif de mettre à disposition ces outils à la communauté scientifique végétale à travers des forges institutionnelles (forgemia) et des solutions de déploiement efficaces (Machines virtuelles, conteneurs …). L’équipe a également en charge des activités de collecte, mise en forme et gestion des données produites dans les projets portés par les équipes de recherche de GQE selon le respect des principes FAIR.
Moyens de calculs
BiOSS met à la disposition de ses équipes et de la communauté scientifiques de nombreuses applications web développées et hébergées au Moulon (ThaliaDB, SHiNeMaS, DiverCILand, PROTICdb).
Membres
- Mathieu Brisson CDD (INRAE)
- Yannick De Oliveira Ingénieur d'Études (INRAE)
- Adrien Falce Assistant Ingénieur (INRAE)
- Franck Gauthier Ingénieur d'Études (INRAE)
- Benoit Johannet Assistant Ingénieur (INRAE)
- Olivier Langella Ingénieur de Recherche (CNRS), 10% BiOSS, 90% PAPPSO
- Pierre Montalent Ingénieur d'Études (INRAE)
- Mélanie Polart-Donat Ingénieure d'études, CDD (INRAE)