ABI - SOFT group

Missions

L’équipe ABI-Soft développe, déploie et distribue des outils d’analyses et des bases de données utiles aux scientifiques de l’UMR. L’équipe a également pour objectif de mettre à disposition ces outils à la communauté scientifique végétale à travers la forge de l’enseignement supérieur et de la recherche (SourceSup) et des solutions de déploiement efficaces (Machines virtuelles, conteneurs …).

ABI-Soft maintient également un environnement Galaxy afin d’exécuter les chaines de traitements des données (workflows) qui sont développées au sein de l’UMR. L’équipe est en charge de déployer les outils sur ses propres serveurs, concevoir les workflows dans Galaxy et si besoin développer les outils permettant d’articuler ces chaines de traitements. L’équipe travaille en étroite collaboration avec l’équipe ABI-SYS qui maintient l’infrastructure hébergeant les applications d’ABI-Soft.

Enfin, l’équipe est chargée de la formation des scientifiques (de l’UMR et leurs partenaires) sur les outils qu’elle développe.

Projets

Actuellement, ABI-Soft développe plusieurs outils de gestion des données et d’analyses qui sont les composants d’un système d’information global dédié à la sélection chez les plantes.

ThaliaDB

En collaboration avec l’équipe GQMS. ThaliaDB est une application web avec sa base de données qui gère des accessions de plantes, lots de graines, marqueurs SNPs, données brutes de génotypage, et des données de phénotypage élaborées. Cet outil est utile pour la gestion des données du laboratoire, leur expertise, pour la préparation de jeux de données utilisés pour des analyses en génétique d’association à l’échelle du génome (GWAS) ou en sélection génomique et pour le partage de données avec des collaborateurs ou des répertoires de données centralisés (Dataverse).

Le développement de l’outil a débuté en 2004, deux versions ont été développées en Java. La version 3 de l’outil a été réécrite en utilisant le langage Python avec le framework Django en 2015. Cette version est déployée sur les serveurs de l’UMR. Cette application est utilisée principalement par l’équipe GQMS et leurs partenaires notamment dans le cadre des projets Amaizing (PIA) et DROPS (projet européen). D’autres instances vont être déployées pour d’autres espèces et projets dans les mois qui viennent, en collaboration avec d’autres partenaires.

SHiNeMaS

En collaboration avec l’équipe DEAP. SHiNeMaS (Seeds History Management and Network System) est une application web avec sa base de données (Python/Django/PostGreSQL) qui permet de gérer les relations et la généalogie de lots de semence dans un réseau de fermes ainsi que les données d’évaluation au champ et environnementales (pratiques culturales, données climatiques etc.). Cet outil est aujourd’hui utilisé dans le cadre de plusieurs projets de science participative, en collaboration avec le Réseau Semences Paysannes (RSP) depuis 2003, en agriculture biologique et agro-écologique sur le blé tendre. D’autres collaborations avec le RSP ont lieu pour développer l’outil sur de nombreuses espèces. SHiNeMaS est disponible librement sur la page projet de la plateforme SourceSup.

Biomercator

En collaboration avec l’équipe GQMS.

BioMercator est un outil d’analyse (Java) permettant d’explorer des régions candidates impliquées dans les variations de caractères d’intérêt agronomique. Le logiciel permet de visualiser des cartes génétiques et le génome annoté (gènes, marqueurs, QTLs …). La première version a été publiée par A. Arcade, A. Labourdette, M. Falque, B. Mangin, F. Chardon, A. Charcosset, et J. Joets, dans Bioinformatics en 2004 et la version 3 par O. Sosnowski, A. Charcosset, et J. Joets dans Bioinformatics en 2012.
BioMercator version 4 est disponible depuis la page projet hébergée sur la plateforme SourceSup. La version 5 est encours de développement et permettra d’exploiter des résultats issus de GWAS.

Moulaxy

En collaboration avec les équipes de GQE-Le Moulon. Moulaxy est une instance locale de Galaxy, utilisée dans le laboratoire, qui donne un accès aux workflow et logiciels adaptés aux besoins du laboratoire. Dans ce projet ABI-Soft : 1- Installe les outils et déploie les workflows répondant aux besoins des projets scientifiques du laboratoire 2- Développe de nouveaux outils et méthodes en lien avec ces projets scientifiques 3- Contribue à la valorisation de ces workflows par une mise à disposition à la communauté Galaxy (toolshed, formations)

[comment]: <> (### Phenofield-Validator In collaboration with GQMS team and external partners (LEPSE, Biogemma) in the frame of PIA Amaizing and DROPS european projects
Phenofield-Validator, a validation tool for field phenotyping trial raw data. The tool allows to check automatically phenotyping data according to a set of rules defined by users. It takes as input a table file with several sheets (the template is excel compliant) that contains the results of the field data phenotyping and provides after command line job (Talend software) execution, as output a csv file with data that are Validated and (if errors are detected) a second file that contains Errors to correct, with a description of the rule that was violated to help scientists to correct the data before running new quality control. Perspectives are to load the validated trial data in a database to provide users the possibility to query several datasets at a time, to draw graphics to make comparison between datasets according to environments and treatments.)

Merci de contacter Yannick De Oliveira, pour plus de détails et collaboration.

Anciens membres

• Laetitia Courgey (2018-2020), Master MIAGE Université Paris Dauphine (SHiNeMaS, ThaliaDB)
• Alice Beaugrand (2016-2018), Master 2 University Paris-Saclay, puis CDD (SHiNeMaS, ThaliaDB)
• Artur Robieux (2018), Master 2 University Paris-Saclay (ThaliaDB)
• Marine Daniel-Dit Andrieu (2017), Master 2 University Paris-Saclay (Phenofield-Validator)
• Mélanie Polart-Donat (2017), Master 2 University Paris-Saclay (SHiNeMaS)
• Eva Dechaux (2017), Master 2 University Paris-Saclay (SHiNeMaS)
• Lan-Anh Nguyen (2016), DUT Université d’Auvergne, (ThaliaDB)
• Olivier Akmansoy (2016), Ecoles des Mines Douai (ThaliaDB)
• Aichatou Aboubacar-Amadou (2016), Master 2 Univ. Reims (SHiNeMaS)
• Lydia Aït-Brahim (2014 – 2016), Master 2 Université Paris-Saclay, then CDD (Biomercator)
• Guy Ross Assoumou (2012 – 2015), CDD IE/Software engineer (ThaliaDB)
• Jocelyn Chêne (2015), Master 2 Univ. Nantes (ANR Bakery project)
• Laura Burlot (2014), Master 2 Univ. Lyon, then CDD IE/ software engineer (SHiNeMaS)
• Marie Lefebvre (2014), Master2 Univ. Nantes (SHiNeMaS)
• Darkawi Madi (2012), Master 2 (SHiNeMaS)